Distribution exacte du score local, cas Markovien

Abstract

National audienceSoit X = (Xk)k≥1 une suite de variables à valeurs dans {−v, ..., 0, ...,+u}. On définit le score local d'une séquence par Hn = max1≤i≤j≤n j k=iXk . Le score local est utilisé notamment dans l'analyse des séquences biologiques afin de mettre en évidence des régions de séquences ayant des propriétés biologiques intéressantes. La signification statistique des scores locaux calculés permet alors de mettre en évidence ce qui est réellement intéressant et il est donc nécessaire de connaître la distribution du score local. Nous établissons ici la loi exacte du score local dans le cas où la suite des Xi est une chaîne de Markov d'ordre 1