Gyugos, Mónika

Semmelweis Repository

MikroRNS expresszió vizsgálata humán hepatoblastomában  Doktori tézisek  Gyugos Mónika  Semmelweis Egyetem Patológiai Tudományok Doktori Iskola     Témavezető: Dr. Schaff Zsuzsa, az MTA levelező tagja, egyetemi tanár            Hivatalos bírálók: Dr. Törő Klára, Ph.D., egyetemi docens Dr. Horváth Gábor, Ph.D., főorvos Szigorlati bizottság elnöke: Dr. Fehér Erzsébet, Ph.D., egyetemi tanár Szigorlati bizottság tagjai: Dr. Sebestyén Anna, Ph.D., tudományos főmunkatárs Dr. Simon Károly, Ph.D., osztályvezető főorvos   Budapest 2014  1  BEVEZETÉS  Gyermekkori tumorokról 15 év alatti kor esetén beszélhetünk, melyek az összes daganatos megbetegedés 1%-át teszik ki. A primer rosszindulatú májdaganatok a gyerekkori tumoroknak kb. 1-4 %-a, ennek 90 %-a hepatoblastoma (HB), mely ezzel a leggyakoribb primer rosszindulatú gyerekkori májdaganat. Éves szinten 1 millió gyerek közül körülbelül 1,6-2 betegszik meg hepatoblastomában, Magyarországon évi 3-4 HB esetet regisztrálnak (Országos Gyermektumor Regiszter adatai alapján). A hepatoblastoma gyakran fejlődési rendellenességekkel asszociált tumor, mely magas alfa-fetoprotein (AFP), onkofetális marker expresszióval jellemezhető. Etiológiája máig csak részben tisztázott, ennek egyik lehetséges oka, hogy nagyon ritka betegségről van szó.  Más egyéb tumorok mellett, a hepatoblastoma patomechanizmusát sem sikerült még teljes egészében feltárni. A hepatoblastoma hepatikus progenitor sejtekből ered, amelyek különböző májfejlődési állapotokon mennek keresztül, erre utalnak a hepatoblastoma szövettani típusai. Jelentős különbség van a főként gyermekkorban kialakuló hepatoblastoma és a gyermekkort meghaladóan jelentkező hepatocellularis carcinoma (HCC) között, míg a HCC főként krónikus májbetegség (vírusfertőzés, cirrhosis, steatosis) talaján alakul ki, addig a hepatoblastoma létrejöttében sem vírus, sem cirrhotikus máj nem játszik szerepet, az okok inkább genetikai, epigenetikai eredetre vezethetőek vissza. A hepatoblastoma leggyakrabban 6 hónapos és 3 éves kor között (az átlag életkor 18 hónap) fordul elő. A HB kezdeti stádiumban nem okoz panaszokat, így egyéb okból végzett hasi ultrahang vizsgálaton a megnagyobbodott máj utalhat hepatoblastomára. A 2  HB azonosításában a legfontosabb szérumfehérje az AFP. A diagnózist ezen marker magas értékére, valamint radiológiai és hisztológiai vizsgálatok eredményeire alapozva állítják fel. A HB diagnosztikájában és osztályozásában a szövettani vizsgálat alapvető fontosságú. Ez részben azért fontos, hogy elkülöníthető legyen a HB és a gyerekkori HCC egymástól, másrészt pedig a különböző szövettani típusok eltérő prognózissal társulnak. A daganatot epitheliális, kevert, valamint nem osztályozható szövettani csoportokra oszthatjuk. Az epitheliális a leggyakoribb típus, mely az esetek 60%-ban fordul elő. Ezt a típust fetális, embrionális, makrotrabekuláris, kis sejtes differenciálatlan és kolangioblasztikus szubtípusokra oszthatjuk.  A mikroRNS-ek (miRNS, miR) rövid, 18-25 nukleotid hosszúságú, fehérjét nem kódoló RNS-ek, amelyek univerzálisan expresszálódnak a gerinces és gerinctelen állati, gomba és növényi szervezetek sejtjeiben. A mikroRNS-ek által szabályozott gének számos életműködésekkel kapcsolatos biológia folyamatot szabályoznak, mint például az egyedfejlődés pontos időbeli lefolyása, sejtdifferenciáció, proliferáció, apoptózis vagy a jelátviteli utak expressziója így szerepet játszanak betegségek, elsősorban daganatok kialakulásában és progressziójában. miRNS-ek diszregulációját humán betegségek széles körében leírták, mint például keringési rendellenességek, metabolikus zavarok, neurodegeneratív- és autoimmun betegségek. Felvetődött, hogy a jelentős mértékben megváltozott expressziójú miRNS-ek a tumorok diagnózisa és prognózisa szempontjából biomarkerként számításba jöhetnek, sőt mivel miRNS-ek kimutathatóak szérumból is, az expressziós szintjükben mért 3  változás diagnosztikus értékű lehet. A miRNS profil meghatározások alapján úgy tűnik, hogy mind az egészséges, mind a beteg szövetekre sajátos miRNS expressziós mintázat jellemző. Kevés adat áll rendelkezésre arról, hogy hogyan változik a mikroRNS-ek expressziós szintje hepatoblastomában, de néhány közleményben beszámoltak a miR expressziós szintek változásáról a környező szövethez, normál májhoz vagy HCC-hez képest, azonban a különböző HB szövettani típusok miR-expressziós profilját eddig még senki nem vizsgálta.  CÉLKITŰZÉSEK  Az irodalomban mindösszesen három munkacsoport vizsgálta a miRNS-ek expresszióját hepatoblastomában, illetve metasztatikus hepatoblastomában. Ezek alapján a következő célkitűzéseket fogalmaztuk meg: 1. A miR-17-5p, miR-18a, miR-21, miR-34a, miR-96, miR-122, miR-140, miR-181a, miR-195, miR-210, miR-214, miR-221, miR-222, miR-223 és miR-224 mikroRNS-ek expressziós szintjének meghatározása hepatoblastomában, kiemelten az epiteliális szövettani altípusokban.  2. A hepatoblastomában észlelt miRNS eltérések összevetése a betegek túlélési adataival.  3. A túléléssel összefüggést mutató miRNS-ek közös célgénjeinek in silico feltérképezése. 4. A miRNS expresszió és β-catenin-szint korrelációjának vizsgálata hepatoblastomában.  4  5. A hepatoblastomában mért miRNS expresszió összevetése HCC-ben észlelt eltérésekkel irodalmi adatok alapján  MÓDSZEREK  Betegadatok  A betegmintákat a Semmelweis Egyetem II.sz. Patológiai Intézetének valamint az I. sz. Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézetének archívumában 1995-2010 között megtalálható hepatoblastoma esetekből választottuk. A kiválasztott 20 beteg nem szerinti megoszlása 10 fiú és10 lány, átlagéletkoruk 3,69 év.   Szövetminták  A paraffinba ágyazott blokkokból a szövettani értékeléshez 3-5 µm-es metszeteket készítettünk és hematoxilin-eozinnal (HE) megfestettük. Az általunk vizsgált hepatoblastoma tumorok epitheliális típusúnak bizonyultak, 12 fetális és 8 embrionális típus megoszlásban. Az utóbbi csoportból 5 esetben csak embrionális területet, míg 3 esetben mind embrionális, mind fetális területet ki tudtunk jelölni a makrodisszekcióhoz, így összesen 15 fetális, 8 embrionális illetve 15 tumorkörnyéki nem tumoros májminta állt rendelkezésünkre.   5  mikroRNS expressziós szint meghatározás  A teljes RNS izolálást követően reverz transzkripciót és valós idejű PCR reakciót végeztünk TaqMan microRNA assay segítségével.   mikroRNS célgének keresése in silico    A túlélési analízisben szignifikánsnak talált miRNS-ek potenciális célgénjeinek feltérképezését a miRanda predikciós algoritmus alapján végeztük. A közös célgének által érintett jelátviteli útvonalak analízisét a WebGestalt rendszer segítségével végeztük a Benhamini-Hochberg módszer szerinti többszörös korrekciós teszt alapján. Az eredményt a p<0,01 alatt fogadtuk el szignifikánsnak, a minimális génszám a Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes rendszerben 5-re lett beállítva.  Immunhisztokémia  Az in silico targetpredikció során meghatározott ZNF207 fehérje expressziójának kimutatására végzett immunreakciót formalin fixált paraffinba ágyazott blokkokból készített 3 µm vastag metszeteken, a Novolink Polymer Detection System Kit (Leica Biosystems, Wetzlar, Németország) és ZNF207 ellenes antitest (Santa Cruz, Dallas, Texas, USA) segítségével hajtottuk végre manuálisan. Az immunreakciókat szemikvantitatív módon értékeltük a következők szerint: 10 random módon kiválasztott 400x nagyítású látótérben 100 sejtet 6  vizsgáltunk területenként. Az immunreakció értékének az intenzitás és a festődő sejtmagok százalékos arányának megfelelő pontérték szorzatát vettük és azt használtuk a statisztikai számításokhoz.  Statisztikai módszerek  A mintákban mért relatív expresszió statisztikai összehasonlításához nem-parametrikus teszteket alkalmaztunk (Mann-Whitney U, Kruskal-Wallis ANOVA). A teljes túlélést (OS, overall survival) és az eseménymentes túlélést (EFS, event free survival) Kaplan-Meier módszerrel vizsgáltuk. A túlélési görbék összehasonlításához log-rank tesztet alkalmaztunk. Az immunhisztokémiai és relatív miRNS expressziós értékek korrelációját a szintén nem-parametrikus Spearman rangsor teszttel végeztük. A statisztikai számításokhoz a STATISTICA szoftver 9.1 verzióját használtuk és a kapott teszteredményeket akkor tekintettük szignifikánsnak ha p<0,05 teljesült.   7  EREDMÉNYEK  1. A hepatoblastoma minták makroszkópiája és szövettani vizsgálata  A szövettani vizsgálat epitheliális hepatoblastoma tipikus hisztopatológiai képét mutatta az összes esetben. A fetális komponens kis, uniform, fetális hepatocitákra emlékeztető sejtekből állt eozinofil citoplazmával, kerek-ovális bazofil sejtmaggal. A sejtek néhol trabekulákba rendeződtek. Ezzel ellentétben az embrionális komponens sejtjei kevésbé differenciálódtak, nagy sejtmaggal és kevés citoplazmával rendelkeztek, továbbá a sejtek pszeudorozettákat alkottak. A környező máj nem mutatott szignifikáns változást, néhol enyhe fibrózis illetve nem-specifikus gyulladás volt látható.  2. miRNS vizsgálatok  Amikor a hepatoblastoma tumoros mintákat a környező májjal hasonlítottuk össze, 6 miRNS mutatott szignifikáns különbséget: a miR-17-5p, miR-122, miR-195, miR-210 és miR-214 relatív expressziója csökkent, míg a miR-221-szintje emelkedett a tumoros mintákban a környező májszövethez képest.  Amikor a fetális és embrionális hepatoblastoma szövettani típusokat vetettük össze a nem-tumoros környező májjal, a miR-17-5p, miR-195, miR-210 és miR-214 expressziója csökkent, míg a miR-221 szintje emelkedett a fetális mintákban. Ugyanakkor csökkent miR-122 expressziót 8  találtunk az embrionális mintákban a környező májszövethez képest. Az embrionális és fetális komponens között a miR-18 expressziós szintje szignifikánsan csökkent a fetális mintákban.  3. A túlélés és a miRNS expresszió összefüggése  Az OS szignifikánsan különbözött az alacsony és magas miR-21 (p<0,02), a magas és alacsony miR-222 (p<0,03), valamint a magas és alacsony miR-224 (p<0,01) vonatkozásában. Magas miR-222, magas miR-224 és alacsony miR-21 rövidebb OS-sel társult; az átlagos túlélés 92,5, 57,6 és 55,6 hónap volt ebben a csoportban. Ezzel szemben az alacsony miR-222, alacsony miR-224 és magas miR-21 csoport átlagos túlélése 101,8; 132,8 és 144,5 hónapnak bizonyult. EFS tekintetében sem a recidívával, sem a metasztázissal összefüggésben szignifikáns különbséget nem kaptunk.  4. A miRNS célgének keresése in silico  A túléléssel szignifikáns összefüggést mutató miR-21, miR-222 és miR-224 célgénjeit és cél mRNS szekvenciáit a miRanda targetpredikciós algoritmus segítségével kerestük. A három miRNS közös metszeteként 203 célgént kaptunk, amelyek közül 198 rendelkezett „Entrez Gene” azonosítóval a KEGG rendszerben. A statisztikai számítások után 4 útvonal felelt meg a kritériumoknak (minimális génszám: 5, p<0,01). Választásunk a MAPK útvonalra esett, mert irodalmi adatok arra utalnak, hogy a hepatoblastoma tumorbiológiája összefüggésben áll ezzel az útvonallal. A kapott célgének 9  betegmintákban történő expressziójának kiértékeléséhez microarray chip eredményeket kerestünk. A megtalált Affymetrix array-eken a 203 génből 149 szerepelt. Minden gén esetén a normális és nem tumoros minták közötti statisztikai vizsgálatot Student t-teszttel végeztük el. Eredményül a ZNF207-et kaptuk.  5. Immunhisztokémiai vizsgálatok  Az in silico célgén alapján elsőként rangsorolt ZNF207 fehérje expresszió vizsgálatának eredményeként azt kaptuk, hogy a ZNF207 a fetális májban gyenge/közepes, míg az embrionális szubtípusban erős reakciót adott. Szignifikáns különbség volt az embrionális és a környező máj között (p<0,008), valamint a hepatoblastoma minták és környező máj között (p<0,03). A túlélés statisztikai vizsgálata nem mutatott összefüggést az OS és ZNF207 expresszió között, ugyanakkor EFS, a recidíva függvényében, összefüggést mutatott a ZNF207 fehérje expressziójával, magas ZNF207 expresszió jobb EFS-sel társult (p<0,04).  6. β-catenin korrelációja a miRNS expresszióval  A -catenin immunreakciók elvégzése után a magi β-catenin expressziója inverz korrelációban állt a miR-17-5p (p<0,03), miR-122 (p<0,003), miR-195 (p<0,009), miR-210 (p<0,0042) és miR-214 (p<0,008) szintekkel. Ugyanúgy inverz korrelációt kaptunk a citoplazmatikus -catenin expresszió és miR-17-5p (p<0,006), miR-122 (p<0,001), miR-195 10  (p<0,01), miR-210 (p=0,003) és miR-214 (p<0,03) között, ugyanakkor miR-221 pozitívan korrelált (p<0,04) a citoplazmatikus -catenin expresszióval.  7. mikroRNS expresszió összehasonlítása HB-ben és HCC-ben  A miR-122, miR-195, miR-214 és miR-221 azonos irányú változást, míg a miR-17-5p és miR-210 ellentétes irányú változást mutat hepatoblastomában és HCC-ben. Viszont a miR-214 változása egy a hepatoblastomákban leírt miR-expressziót vizsgáló közleményben, az általunk vizsgált mintákban tapasztaltakkal ellentétesnek bizonyult.    11  ÚJ EREDMÉNYEK, KÖVETKEZTETÉSEK 1.  Elsőként mutattuk ki, hogy a miR-18a szignifikáns különbséget mutat az epitheliális hepatoblastoma embrionális és fetális szubtípusa között, aminek következtében a miR-18a alkalmas lehet a kevésbé differenciált embrionális szubtípus és a differenciáltabb fetális szubtípus elkülönítésére, ami prognosztikai értékű lehet. Ez a különbség, valamint a hepatoblastoma komponensek és a környező máj közötti miRNS expressziós különbségek hozzásegíthetnek a két komponensben zajló eltérő patogenetikai folyamatok megértéséhez.   2.  Kimutattuk, hogy a magas miR-21, valamint alacsony miR-222 és miR-224 expressziós szint jobb teljes túléléssel társul hepatoblastomában az epiteliális komponenstől függetlenül, amely HCC-vel részben megegyező, részben különböző sajátságot mutat.   3.  A túlélésben szerepet játszó miRNS-ek in silico célgén-kereséseként egy egyelőre kevésbé ismert cink-ujj gént, a ZNF207-et kaptuk, mely fehérje expressziója a hepatoblastoma, különösen az embrionális komponens és a környező máj között bizonyult eltérőnek, a teljes túléléssel azonban nem mutatott összefüggést.    12  4.  A mintákon elvégzett β-catenin immunhisztokémiai reakciók eredményének és a mikroRNS expressziós adatok korreláltatásának eredményeként azt kaptuk, hogy a sejtmagba és citoplazmába lokalizálódó β-catenin expresszió fordított arányú korrelációt mutat a miR-17-5p, miR-122, miR-195 és miR-210 szintjével, ami egy -catenin-karakterisztikus miRNS mintázatra utalhat.  5. Két oncomiR, a miR-17-5p és miR-210, expressziójának HCC-től eltérő változása tumoros és tumor környéki máj között a hepatoblastoma HCC-től eltérő patogenezisére utalhat, ami későbbiekben akár diagnosztikai célt is szolgálhat a két tumor típus molekuláris szinten való elkülönítésében.      13  SAJÁT PUBLIKÁCIÓK JEGYZÉKE  Megjelent közlemények impact factora (IF): 6,179  Az értekezés alapjául szolgáló közlemények jegyzéke (IF:5,533):  1. Gyugos, M., G. Lendvai, I. Kenessey, K. Schlachter, J. Halasz, P. Nagy, M. Garami, Z. Jakab, Z. Schaff and A. Kiss. (2014) microRNA expression might predict prognosis of epithelial hepatoblastoma. Virchows Arch. 2014 Apr; 464(4): 419-427. Doi:10.1007/s00428-014-1549-y.  IF: 2,676 2. K.Schlachter, Gyugos, M., J. Halász, G. Lendvai, K. Baghy, M. Garami, B. Gyöngyösi, Z. Schaff, A. Kiss (2014) High Tricellulin expression is associated with better survival in human hepatoblastoma. Histopathology.2014 Apr 16. doi: 10.1111/his.12436.  IF: 2,857  Nem az értekezés alapjául szolgáló közlemények jegyzéke (IF: 0,646):   1. A. Dencs, A. Farkas, M. Gyugos, A. Kurcz, E. Puskas, B. Treso, E. Rusvai, E. Barcsay and M. Takacs. (2011) Phylogenetic analysis of a nosocomial transmission of hepatitis B virus at a paediatric haematology ward. Acta Microbiol Immunol Hung, 58: 23-29.  IF: 0,646  14   KÖSZÖNETNYILVÁNÍTÁS  Hálás köszönettel tartozom témavezetőmnek, Prof. Dr. Schaff Zsuzsának mindazért, aminek következtében ez a munka létrejöhetett. Köszönöm a szakmai útmutatásait, alaposságát, türelmét és idejét, valamint a lehetőséget, hogy kutatási eredményeinket nívós nemzetközi konferenciákon is bemutathassuk. Szeretném megköszönni Prof. Dr. Tímár Józsefnek, hogy intézetvezetőként lehetőséget teremtett a PhD munkám kivitelezéséhez és ezzel hozzájárult szakmai fejlődésemhez. Köszönöm Dr. Kiss András, Dr. Lendvai Gábor és Dr. Lotz Gábor docens uraknak a szakmai segítségnyújtást és a tudományos közleményekben való segítséget, szeretném megköszönni alapos és kitartó munkájukat.  Köszönettel tartozom I. sz. Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet munkatársainak, hogy létrejöhetett ez a munka, hisz a mintáink egy részét ők biztosították. Prof. Dr. Nagy Péter, Prof. Dr. Kovalszky Ilona, Dr. Baghy Kornélia.  Hálás köszönettel tartozom a II. számú Gyerekklinika munkatársainak Dr. Jakab Zsuzsának és Dr. Garami Miklós egyetemi docens úrnak a betegadatokért. Külön köszönet illeti Dr. Györffy Balázst, az I. számú Gyerekklinika kutatóját, akinek alapos, precíz és gyors munkájára az in silico vizsgálatok során számíthattam.  Köszönettel tartozom Dr. Tőkés Anna-Máriának a disszertációm legnagyobb alapossággal elkészített, minden apró részletre kiterjedő házi 15  bírálatáért. Köszönettel tartozom Dr. Kenessey Istvánnak, hogy segített tájékozódni a statisztika bonyolult világában és bármikor rendelkezésemre állt, ha segítségre volt szükségem. Szeretném megköszönni kolleganőmnek, Dr. Schlachter Krisztinának az immunreakciók kiértékelésében való segítséget. Köszönöm Dr. Gyöngyösi Benedeknek a statisztikával illetve a számítógépes szoftverek használatával kapcsolatos segítségét. Hálásan köszönöm Rigóné Kálé Elvirának az angol nyelvű munkák lektorálását. Külön köszönet illeti az asszisztenseket, akik türelme határtalan és mindig a rendelkezésemre álltak: Pekár Zoltánné, Horváth Csilla, Gregor Viktória, Sklánitzné Samodai Erika és Azumah Erzsébet. Nagyon szépen köszönöm Hegedüs Zitának és Pekár Zoltánnénak a munkán túlmenően a barátságukat. A II.sz. Pathológiai Intézet minden egyes dolgozójának köszönök mindent. Végül, de nem utolsó sorban szeretnék köszönetet mondani páromnak, Végh Árpádnak, hogy mindvégig támogatott, biztatott, motivált és mellettem állt.    

MikroRNS expresszió vizsgálata humán hepatoblastomában

http://repo.lib.semmelweis.hu/bitstream/handle/123456789/3879/gyugosmonika.m.pdf?sequence=5

MikroRNS expresszió vizsgálata humán hepatoblastomában

Abstract

Similar works

Full text

Available Versions

Semmelweis Repository