Le secteur des transports est fortement dépendant des sources d’énergie fossiles. Face à l’éventuel épuisement des ressources, à la fluctuation importante des prix ainsi qu’à la pollution engendrée par leur utilisation, plusieurs alternatives ont été identifiées. La production de biodiesel d’origine microalgale présente plusieurs avantages dont l’importante productivité en biomasse et en huile ainsi que la possibilité de les cultiver sur des terres non arables. Étant donné que la croissance des microalgues de métabolisme hétérotrophe est indépendante du rayonnement solaire, il s’agit d’une option intéressante pour le Québec. Cette production pourrait être réalisée, dans un premier temps, par l’utilisation de résidus agricoles. Toutefois, l’analyse des aspects technologiques, économiques et environnementaux permet de constater que plusieurs efforts de recherche et développement devront être fournis afin de permettre une production d’algocarburants à l’échelle