thesis

Modulation du positionnement des nucléosomes par le variant d'histone H2A.Z chez Saccharomyces cerevisiae

Abstract

Dans le noyau des cellules eucaryotes, l'ADN est empaqueté dans une structure nommée chromatine, principalement grâce à des protéines appelées histones. Le haut niveau de compaction de cette structure exerce généralement un effet négatif sur les processus impliquant l'ADN, tels la recombinaison, la réplication, la réparation et la transcription. Un remodelage de la chromatine est nécessaire pour que ces processus puissent être effectués. Ce remodelage peut impliquer divers procédés, dont l'incorporation de variants d'histones. Le variant d'histone H2A.Z a ici été étudié afin de mieux comprendre son rôle dans la régulation de la transcription chez Saccharomyces cerevisiae. La présence du variant d'histone H2A.Z aux promoteurs des gènes GAL1 et GAL10 , impliqués dans le catabolisme du galactose, a été observée par immunoprécipitation de la chromatine par notre groupe. Nous avons aussi déterminé que sa présence est nécessaire pour l'activation de la transcription de ces gènes, son rôle exact restant encore irrésolu. Les travaux ci-présentés se basent sur l'hypothèse selon laquelle H2A.Z joue un rôle dans la stabilisation de nucléosomes clés à la région promotrice, en attente du signal d'activation, lesquels seraient désassemblés au moment de l'induction. Aussi, nous avons voulu étudier le rôle de H2A.Z sur le positionnement, la stabilité et l'abondance relative des nucléosomes à l'ensemble de la région promotrice de GAL1 et GAL10 chez Saccharomyces cerevisiae à l'aide de la technique de balayage des nucléosomes. Cette technique a nécessité une mise au point à ce jour inachevée, étant donné la rencontre de différents obstacles, tels le besoin d'un contrôle pour réduire les faux positifs, l'optimisation de l'amplification par toutes les paires d'amorces dans les mêmes conditions expérimentales, etc. Ainsi, il a été possible d'obtenir un patron reproductible du positionnement des nucléosomes à la région promotrice de GAL1 et GAL10 en absence d'induction dans la levure de type sauvage et pour le mutant de délétion de H2A.Z correspondant. Ces patrons démontrent des positions similaires, mais des niveaux d'abondance différents pour certains nucléosomes, ce qui permet de supposer que H2A.Z influence la stabilité de certains nucléosomes, du moins à cette région promotrice. Dans le but de valider la technique utilisée, des études similaires ont été réalisées à une autre région promotrice bien caractérisée. Le promoteur du gène CHA1 a récemment fait l'objet de plusieurs études sur le positionnement des nucléosomes à sa région promotrice, de même que sur la présence du variant d'histone H2A.Z à cette même région. De ces expériences découlent la connaissance du positionnement des nucléosomes au promoteur en absence et en présence d'induction du gène, en plus de la confirmation de la présence de H2A.Z à cette région. Ce gène modèle a permis de valider l'efficacité de la technique de balayage des nucléosomes à fournir les mêmes résultats que ceux observés précédemment. Afin de vérifier le rôle de H2A.Z dans l'activation de la transcription de ce gène, un essai d'extension d'amorce a été réalisé. Contrairement au résultat attendu, il a été observé que la délétion de H2A.Z a un effet positif sur l'expression de CHA1. Les expérimentations réalisées dans le cadre de ces travaux de maîtrise permettent de constater que la technique de balayage des nucléosomes est adéquate pour reproduire le positionnement des nucléosomes à la région promotrice de CHA1. Toutefois, à la région promotrice de GAL1 et GAL10 , cette technique ne semble pas encore tout à fait au point. Finalement, il peut être conclu que l'influence du variant d'histone H2A.Z sur la régulation de la transcription de ces gènes s'exerce via des mécanismes différents

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