Relations entre la structure de la chromatine et la transcription dans les gènes ribosomaux pendant la réparation par excision de nucléotides (NER) dans différents mutants de délétion rad chez S. cerevisiae

Abstract

Des remaniements de la chromatine se produisent pendant la réparation de dimères de cyclobutane pyrimidine par la réparation par excision de nucléotide (NER). Par la suite, la structure de départ doit être rétablie pour conserver des fonctions génomiques normales. Le fonctionnement de la NER sur la chromatine non-nucléosomale et les mécanismes rétablissant la chromatine suite à la NER sont inconnus. L'analyse de la NER dans les gènes ribosomaux (ADNr), présents en plusieurs copies dont seulement une fraction est activement transcrite et nonnucléosomale, nous a permis de montrer que la réparation de CPD est rapide dans l'ADNr actif et que des réarrangements chromatiniens se produisent pendant la NER. De plus, la chromatine s'assemble sur l'ADNr nonnucléosomal durant les premiers événements de la NER, mais en absence de réparation. La reprise de la transcription suite à la réparation des CPD concide [i.e. coïncide] avec la réapparition de chromatine non-nucléosomale. Jusqu'à maintenant, seulement le passage de la machinerie de réplication était connu pour empaqueter de novo les ADNr dans des nucléosomes. Ainsi, peu après la formation de dommages UV sur l'ADN, il y a assemblage de chromatine. Aussi, la protéine Rad4, quoique essentielle à la NER, n'est pas encore bien caractérisée; sa fonction exacte n'est pas encore identifiée. Ainsi, il est connu que la délétion de celle-ci entraîne une forte sensibilité aux UV et une incapacité de réparer des dimères dans les gènes ARN polymérase II et les régions non transcrites du génome. Or, malgré l'absence de réparation du brin non transcrit des gènes ribosomaux (ARN pol. I), le brin transcrit est quant à lui réparé à 50-60%. Dans le but de mieux caractériser Rad4, nous avons étudié plus en détail la réparation NER des gènes ribosomaux en séparant la fraction active non nucléosomale de la fraction inactive nucléosomale. La réparation est normale dans le brin transcrit de la fraction active, alors que le brin non transcrit de la fraction active et les deux brins de la fraction inactive des ADNr sont moins bien réparés. En parallèle, il y a aussi assemblement de nucléosomes sur les parties actives peu après l'irradiation chez rad4[delta] , mais contrairement aux autres mutants NER étudiés, il y a retour d'une chromatine non nucléosomale. De plus, ce désassemblement se produit plus rapidement que chez le type sauvage. Malgré ces faits, la transcription ne se rétablit pas dans cette souche