Kemunculan komplek batuan melang berumur pra-tersier di daerah Karangsambung, Jawa Tengah merupakan hal yang masih menjadi perdebatan dan telah melahirkan berbagai pendapat yang menjelaskannya. Struktur lipatanantiklin, sesar naik dan sesar mendatar yang dijumpai di sekitar daerah ini dapat menjadi penyebab kemunculan batuan tertua di Pulau Jawa ini. Penelitian ini dilakukan guna menjelaskan kontrol struktur geologi tertentu yang menyebabkan kemunculan batuan berumur Pra-Tersied di sekitar batuan berumur Tersier di Karangsambung. Penelitian ini dilakukan dengan melakukan kajian struktur geologi pada batas selatan batuan Pra-Tersier. Pemetaansebaran batuan Pra-Tersier dan Tersier serta pengukuran unsur struktur sesar dilakukan pada batas ini. Analisis dilakukan dengan membuat penampang geologi, analisis stereografis data sesar dan lipatan. Sesar Naik Kali Jebugdengan kedudukan N250E/40N pitch 70 ke arah NE telah mengontrol kemunculan batuan Pra-Tersier di Karangsambung. Sesar naik miring ke utara ini menjadi batas batuan Pra-Tersier dan Batuan Formasi Karangsambung yang berumur Eosen di selatan. Sesar ini dihasilkan oleh gaya utama berarah Utara-Selatan yang bekerja pada batuan dasar dan mengasilkan antiklin dan sinklin di daerah Karangsambung