El objetivo del ensayo consiste en examinar aquellas áreas complejas que parecen, desde hace al menos dos décadas, estar entorpeciendo el desarrollo, consolidación o crecimiento de las universidades públicas en México. Identificamos, entre otros, dos ámbitos problemáticos. Por un lado, la inadecuación entre la estructura académica y las necesidades actuales del avance del conocimiento; y por otra, el desfase entre la organización administrativa y de gobierno, frente a las nuevas políticas nacionales de educación superior. Aunque estrechamente relacionados, con fines de exposición, en la primera parte abordamos el aspecto académicocientífico, y en la segunda, el burocrático-de gobierno. Ambos son parte de un tejido institucional cuyos cambios urgen en las universidades públicas mexicanas