Background: Currently, health development efforts are focused on achieving the MDG targets through several priority programs such as health insurance expansion; equitable access to health services in Remote Areas, Borders, and Islands (DTPK Areas); increase of promotion – preventive measures, and response to diseases. One of the strategic steps taken by the government to achieve that goal is by issuing Health Operational Assistance Policy (BOK). In recent years, increase in budget for health has occurred at the central level. Although on one hand the increment has not reached 5 % of total the state budget, on the other hand the budget absorption is low, i.e. not reaching 100 %. Most budget absorption takes place within the last quarter of the fiscal year. This indicates that there are serious problems in the implementation of the health system, one of which is inefficiencies. This phenomenon also occurs in the implementation of BOK policy. The proportion of BOK funds has increased in recent years, but the amount absorption does not reach 100 %. This of course would cumulatively affect the achievement of health system performance. Objective: This study aimed to explore the implementation of BOK policy at the primary health care level, identifying the factors that contribute to inefficiencies in the implementation of BOK policy, and assess the effectiveness of BOK policy in achieving the target of minimum services standard of health (SPM). Methods: This study was a descriptive study using a case study research strategy. The location was in Sabu Raijua Regency, East Nusa Tenggara Province while the research period was from June to August 2013. Results and Discussion: BOK Fund is the only source of funds to finance the implementation of preventive and promotion programs at health center level. There is no fund allocated by local government (APBD) due to its limited amount and high allocation to finance other sectors. The study identified several factors contributing to inefficiency in the use of BOK funds in the DTPK area, including the limited number and quality of human resources in health centers to run the programs. The result are dual task that implies a high workload (service/ care and administrative); delay of Technical Guide issuance and its subsequent socialization by the central government and district health offices to primary health centers; poor management capacity of health authorities in the implementation of the BOK fund due to varied understanding of the allocation of BOK fund; lack of data or evidence use in developing activity plans, and delays in disbursement of funds which resulted in the accumulation of funds to be disbursed in the 4th quarter of a fiscal year. Other findings also show that there was no significant change in the coverage of services and programs at the health center level when compared to the national target of SPM. Conclusions: The implementation of BOK policy has yet to show significant impact on the improvement of health system performance in the sub national level. At the central level, an in-depth and systematic evaluation is required for the allocation of BOK funds. At the local level, it requires significant improvement on the input side and on the process of planning and oversight mechanisms for community health centers and health authorities – which is integrated in nature - so that the BOK’s policy implementation could pose significant impacts on the improvement of the local health system performance. Latar belakang: Saat ini, pembangunan kesehatan terfokus pada upaya pencapaian target MDGs melalui beberapa pro- gram prioritas seperti perluasan jaminan kesehatan; pemerataan akses terhadap pelayanan kesehatan di Daerah Terpencil, Perbatasan, dan Kepulauan (DTPK); peningkatan upaya promotif-preventif; dan penanggulangan penyakit. Salah satu langkah strategis yang dilakukan pemerintah untuk mencapai tujuan itu dilakukan dengan mengeluarkan Kebijakan Bantuan Operasional Kesehatan. Dalam beberapa tahun terakhir, terjadi kenaikan anggaran kesehatan di tingkat pemerintah pusat. Kenaikan tersebut di satu sisi secara proporsi belum mencapai ukuran 5% dari APBN namun di sisi lain penyerapan anggaran yang sedikit tersebut ternyata tidak mencapai 100%. Sebagian besar anggaran tersebut lebih banyak diserap pada kuartal terakhir. Hal ini mengindikasikan bahwa ada problem serius dalam pelaksanaan sistem kesehatan yakni inefisiensi. Fenomena ini juga terjadi dalam implementasi kebijakan BOK. Proporsi dana BOK dalam beberapa tahun terakhir makin meningkat namun jumlah yang diserap tidak mencapai 100%. Hal ini tentunya secara kumulatif akan sangat mempengaruhi pencapaian kinerja sistem kesehatan. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi pelaksanaan kebijakan BOK di tingkat puskesmas terkait faktor- faktor yang berkontribusi terhadap inefisiensi pelaksanaan kebijakan BOK sekaligus menilai efektivitas dari kebijakan BOK dalam pencapaian target SPM bidang kesehatan. Metode: Penelitian ini adalah penelitian deskriptif dengan menggunakan strategi penelitian studi kasus. Lokasinya di Kabupaten Sabu Raijua, Provinsi Nusa Tenggara Timur dengan waktu penelitian selama ± 3 bulan yakni dari Bulan Juni sampai Bulan Agustus tahun 2013. Hasil dan Bahasan: Dana BOK adalah satu-satunya sumber dana yang membiayai pelaksanaan program promotif dan preventif di tingkat puskesmas. Alokasi dari dana APBD tidak ada karena dana yang tersedia dalam APBD sangat terbatas jumlahnya. Dengan adanya dana BOK, maka dana daerah yang terbatas tersebut dipakai untuk membiayai sektor lain. Penelitian ini menemukan beberapa faktor yang berkontribusi terhadap inefisiensi penggunaan dana BOK di daerah DTPK antara lain keterbatasan jumlah dan kualitas sumber daya manusia untuk menjalankan program-program puskesmas sehingga terjadi rangkap tugas yang berimplikasi pada tingginya beban kerja (pelayanan dan administrasi); keterlambatan Juknis BOK dan sosialisasinya dari pemerintah pusat dan kabupaten kepada puskesmas terkait pemanfaatan dana BOK; lemahnya kapasitas manajemen dinas kesehatan dalam mengelola manajemen pe- laksanaan dana BOK karena adanya variasi pemahaman seca- ra internal tentang peruntukan dana BOK; kurangnya penggu- naan data atau evidence dalam penyusunan rencana kegiatan; dan keterlambatan pencairan dana yakni sering menumpuk pada kuartal ke-4 (akhir tahun). Temuan lainnya juga menunjuk- kan bahwa tidak ada perubahan yang cukup berarti dalam hal cakupan pelayanan dan program di tingkat puskesmas jika dibandingkan dengan target SPM secara nasional. Kesimpulan: Pelaksanaan kebijakan BOK di Daerah DTPK belum menghasilkan dampak yang signifikan bagi peningkatan kinerja sistem kesehatan di daerah. Di tingkat pusat, diperlukan adanya evaluasi secara mendalam dan sistematis terkait mekanisme pengalokasian dana BOK ke daerah. Di tingkat daerah, diperlukan perbaikan yang signifikan pada sisi input, proses perencanaan dan mekanisme pengawasan untuk puskesmas dan dinas kesehatan - yang sifatnya integratif - sehingga implementasi kebijakan BOK ini nantinya dapat memberi dampak berarti bagi peningkatan kinerja sistem kesehatan daerah
