Objetivo. Caracterizar genéticamente dos lotes y una progenie de Brycon orbignyanus destinados para programas de repoblamiento, utilizando la técnica molecular de RAPD (Random amplified polymorphic DNA). Materiales y métodos. Se analizaron 58 reproductores originarios de dos piscícolas ubicadas en las ciudades de Castillo (A:30 individuos) y Porto Ferreira (C:28 individuos), mantenidos en cautiverio hace seis años en la estación de acuicultura e hidrología de la Duke Energy Internacional (Geração Paranapanema) (São Paulo-Brasil). Treinta larvas de la progenie del lote A (B) también se analizaron. Resultados. Los 14 primers usados produjeron 87 fragmentos de los cuales 70.11% fueron polimórficos. Fueron observadas diferencias (p≤0.05) en la frecuencia de 31 fragmentos, con tres exclusivos para el lote A. Los valores de divergencia, distancia e identidad genética mostraron que la diversidad genética del lote A fue mantenida en la progenie y que existe una baja diferenciación entre los lotes de reproductores. El análisis de variancia molecular mostró que la mayor parte de la variación está dentro de cada lote (87.45%) y no entre ellos (12.55%). Este resultado se corroboró con los valores de FST (0.125) y con el dendrograma, que indicaron una moderada diferenciación genética, sin la formación de agrupamientos. Conclusiones. La diversidad genética fue preservada en la progenie debido al manejo eficiente de la reproducción. No hubo una diferenciación genética entre los lotes de reproductores, debido posiblemente a que el origen natural de ambos fue el río Paraná.Objective. To genetically characterize two Brycon orbignyanus stocks and one progeny intended for restocking programs using the molecular technique RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Materials and methods. Fifty eight broodstocks native to two fish farms in the cities of Castilho (A:30 individuals) and Porto Ferreira (C:28 individuals) were analyzed. The fish had been maintained for six years in captivity in the aquaculture and hydrology station of Duke Energy International (Geração Paranapanema. São Paulo - Brazil); thirty larvae of progeny from the stock A (B) were also analyzed. Results. The fourteen primers used produced 87 fragments of which 70.11% were polymorphic. Differences were observed (p≤0.05) in the frequency of 31 fragments, with three exclusive from stock A. The values for divergence, distance and genetic identity showed that genetic diversity of stock A was maintained in progeny and that a low differentiation exists among reproductive stocks. Analysis of Molecular variance showed that most of the variation is inside each stock (87.45%) and not between them (12.55%). This result was corroborated with FST (0.125) values and with the dendrogram indicating a moderate genetic differentiation, without cluster formation. Conclusions. Genetic variability was maintained in progeny, possibly because both were native to the Paraná river
