A erva-mate (Ilex paraguariensis Saint Hillarie) é uma espécie nativa da região meridional do Brasil, cujas folhas, após o processamento, são utilizadas como bebida pelas populações do Brasil, Argentina, Paraguai, Uruguai e outros países da América do Sul. O objetivo deste trabalho foi verificar a presença de bactérias mesófilas, termófilas, bolores, leveduras e a diversidade de bactérias e leveduras nas amostras in natura e após processamento. Também de verificar a qualidade sanitária na erva-mate já processada. As coletas das amostras foram realizadas de janeiro a junho de 2013, no município de Vargeão, Santa Catarina. Foram utilizados os métodos oficiais de análises de alimentos da Association of Analytical Communities e do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento. O termófilo mais encontrado tanto na erva-mate processada quanto nas folhas foi o Bacillus licheniformis. Os mesófilos que predominaram nas folhas foram: Pantoea ananatis, Staphylococcus sciuri e Staphylococcus epidermidis. Já na erva-mate processada os mesófilos mais frequentes foram: Bacillus megaterium, Bacillus amyloliquefaciens e Klebsiella pneumoniae. As principais leveduras identificadas nas folhas foram: Aureobasidium pullulans e Sympodiomycopsis sp. Dois isolados do gênero Sympodiomycopsis foram sequenciados e trata-se de uma nova espécie. Na erva-mate processada as leveduras identificadas foram: Rhodosporidium kratochvilovae, Rhodotorula mucilaginosa, Sporobolomyces nylandii. E verificou-se que todos os parâmetros microbiológicos para a erva-mate processada atenderam tanto à legislação brasileira vigente, como também aos parâmetros estabelecidos pela Organização Mundial da Saúde.Yerba mate (Ilex paraguariensis Saint Hillarie) is a native species of the southern region of Brazil, whose leaves, after processing, are mainly used as a beverage by Brazilian, Argentine, Paraguayan and Uruguayan people. The purpose of this work was to verify the presence of thermophilic and mesophilic bacteria, molds and yeasts, and microbial diversity in leaves and in the products ready for the consumption and to determine the sanitary quality in processed yerba mate. The collection of the samples was carried out from January to June 2013, in the city of Vargeão, Santa Catarina, Brazil. Official methods of analysis of foods of the Association of Analytical Communities and of the Ministry of Agriculture, Livestock and Supply were used. The mainly thermophilic bacteria found in yerba mate and leaves were Bacillus licheniformis. The mesophilic bacteria that predominated in leaves were: Pantoea ananatis, Staphylococcus sciuri and Staphylococcus epidermidis. In yerba mate the most common mesophilic bacteria were: Bacillus megaterium, Bacillus amyloliquefaciens and Klebsiella pneumoniae. The main yeast identified in the leaves were Aureobasidium pullulans and Sympodiomycopsis sp. Two isolates of the genus Sympodiomycopsis were a new species. The yeasts identified in the yerba mate were: Rhodosporidium kratochvilovae, Rhodotorula mucilaginosa and Sporobolomyces nylandii. And it was found that all microbiological parameters for processed yerba mate attended both the current Brazilian legislation, as well as parameters established by the World Health Organization