Blood Flow Simulation in Arterial Networks with 1D FEM

Abstract

Abweichender Titel laut Übersetzung der Verfasserin/des VerfassersZsfassung in engl. SpracheKardiovaskuläre Krankheiten sind die häufigste Todesursache in unserer Gesellschaft.Um die Diagnose und in weiterer Folge die Behandlung dieser Krankheiten zu verbessern, wird vermehrt auf dynamische Modelle des Herzkreislaufsystems zurückgegriffen. Bei der Modellauswahl sind Genauigkeit, Rechenaufwand und Identifizierbarkeit der Modellparameter entscheidende Faktoren. Modelle mit einer Raumdimension rücken auf Grund ihrer hohen Effizienz dabei immer mehr in den Fokus der Forschung. Ziel dieser Diplomarbeit ist es, mit Hilfe der Finiten Elementen Methode den Blutfluss durch diverse Netzwerke von Arterien in einer Dimension zu simulieren. Ausgangspunkt dafür sind die allgemeinen Navier-Stokes Gleichungen, welche die Grundlage der Strömungsmechanik bilden. Aus diesen Gleichungen wird unter zusätzlichen Annahmen ein eindimensionales Modell hergeleitet. Ein Arterienstück wird dafür durch ein axialsymmetrisches Rohr abstrahiert, welches zusätzlich bestimmte druck- und geschwindigkeitsabhängige Eigenschaften aufweist. Das führt zu einem eindimensionalen hyperbolischen Differentialgleichungssystem für die Zustandsgrößen Querschnittfläche, Fluss, Geschwindigkeit und Druck. Dieses System wird im Folgenden in Erhaltungsform gebracht und es wird eine charakteristische Analyse des Systems durchgeführt. Die geeignete Wahl der Randbedingungen im Modell ist von entscheidender Wichtigkeit, um einerseits eine eindeutige Lösung des Problems zu erhalten und andererseits die physiologischen Vorgänge im kardiovaskulären System optimal modellieren zu können. Dabei dient der Blutdruck aus dem Herzen als Eingangsfunktion für das Modell. Der Ausfluss aus dem Arteriensystem muss ebenfalls geeignet modelliert werden. In dieser Arbeit kommt ein drei-elementiges Windkesselmodell zum Einsatz, da man mit diesem die Dehnbarkeit und den im System vorherrschenden Widerstand realistisch abbilden kann. Die Randwerte werden dabei über die charakteristischen Variablen berechnet. Ein zentrales Thema dieser Arbeit ist die Modellierung der Bifurkationen, also die Verzweigung einer Arterie in zwei Folgende. Mit Hilfe dieser werden diverse abstrahierte arterielle Bäume simuliert. Dazu müssen an einer Bifurkation die Stetigkeit des Druckes und die Aufteilung des Flusses auf die folgenden Arterien gewährleistet sein. Das führt zu einem nichtlinearen Gleichungssystem, welches gelöst werden muss. Da es sich bei dem eindimensionalen Modell um ein nicht analytisch lösbares System handelt, wird eine numerische Methode zur Lösung benötigt. In dieser Arbeit kommt dabei eine Finite Elemente Methode zum Einsatz, um das partielle Differentialgleichungssystem zu lösen. Dazu wird eine Diskretisierung der Gleichungen in Raum und Zeit durchgeführt. Die Diskretisierung erfolgt mit einem Taylor-Galerkin Verfahren zweiter Ordnung, wobei Basisfunktionen erster Ordnung verwendet werden. Da man bei diesem rasch an Stabilitäts- und Effizienzgrenzen stößt, wird in dieser Arbeit überdies ein Discontinuous Galerkin Verfahren mit Legendre Polynomen höherer Ordnung als Basisfunktionen, füdie Diskretisierung verwendet. Die Umsetzung der Implementierung der beiden Methoden erfolgt mit Hilfe der mathematischen Software Matlab. Um das Modell zu validieren, werden diverse Simulationen durchgeführt. Dabei werden unterschiedlich große arterielle Netzwerke betrachtet: ein Arterienstück; eine Bifurkation (drei Arterienstücke); ein abstrahierter arterieller Arterienbaum bestehend aus dreizehn zentral liegenden Arterien. Bei allen Versuchen werden mit Hilfe der zu wählenden Windkesselparameter und der die Arterien betreffenden Parameter, welche einerseits durch Versuche bestimmt und andererseits an die Physiologie angelehnt sind, physiologisch passende Resultate berechnet. Die Berechnungen werden mit bereits vorhandenen Ergebnissen von aus der Literatur stammenden Simulationen verglichen und somit validiert. Dabei können gute Übereinstimmungen festgestellt werden. Außerdem werden die zwei numerischen Verfahren, also das Taylor-Galerkin und das Discontinuous Galerkin Verfahren, anhand der Simulation eines Arterienstückes verglichen. Beide Methoden liefern die gleichen Ergebnisse, allerdings stellt sich das Discontinuous Galerkin Verfahren im Vergleich als recheneffizienter heraus. Es zeigt sich, dass die eindimensionalen Finite Elemente Methode in der vorliegenden Implementierung die Vorgänge im Arteriensystem realistisch und recheneffizient abbilden kann. Ein Anwendungsgebiet für das Modell ist die Früherkennung von Krankheiten des arteriellen Systems des Menschen. Mit Hilfe von Messdaten gesunder Menschen kann das Modell parametrisiert werden. Die somit erhaltenen Modellergebnisse können dann mit Messdaten von Patienten mit kardiovaskulären Krankheiten verglichen werden, um Rückschlüsse auf krankhafte Veränderungen im System ziehen zu können.Cardiovascular diseases are the most common causes of death in the modern society. To improve the diagnosis and further the therapy of such diseases, dynamic models for the heart circulation system are used more and more often. In these models, the main factors which must be considered are accurateness, computing time and identifiability of the parameters. Therefore, one dimensional models, which have in fact a high efficiency, come to the center of attention. The aim of this master thesis is to simulate the bloodstream through networks of blood vessels with the Finite Element Method in one dimension. The starting points are the general Navier-Stokes equations which build the basis for fluid mechanics. Based on these very complex equations a one dimensional model is derived using additional assumptions. In this context, it is not only very important to understand the biological behavior of human blood vessels, but also to have a profound knowledge about blood pressure, wave propagation and other factors which will have an influence on the simulation. The precedent model condition is that an artery can be represented by an axisymmetric cylinder in which certain flow and pressure conditions exist. As result a one dimensional system of partial differential equations is derived. This system can be written in hyperbolic conservation form with the state variables crosssectional area, the flow, the velocity and the pressure. To solve the system of partial differential equations, numerically correct boundary conditions have to be considered. To be more precise, the main questions are on the one hand, how to simulate the input from the heart, and on the other hand, how to simulate the load downstream and compliance in a physiological way. For the input, a pressure function is used. To simulate the load downstream and the compliance of the arteries, a Windkessel model consisting of three elements is used. The literature has shown that this model can simulate the physiological effects which appear in a system of arteries in a realistic way. Furthermore, a main part of this thesis is to describe bifurcations, the branching of the arteries. By using bifurcations the considered abstract vascular networks can be simulated. In this context two conditions have to be fulfilled. Firstly, same pressure in all branches and, secondly, mass conservation at the junction. With these two conditions, a nonlinear system of equations is set up and solved to simulate bifurcations. The partial differential equation system cannot be solved analytically. Hence, to solve it in this thesis a numerical Finite Element Method is used. To set up a Finite Element Method a discretization in space and time has to be done. In this context, a Taylor Galerkin method of second order with basic functions of first order is used. With this method, efficiency and stability limitations are reached and therefore a second method, the Discontinuous Galerkin method with high order Legendre polynomial as basic functions is considered. The model is implemented by using the mathematical software Matlab. To verify the model, several simulations are done, using one artery, one bifurcation consisting of three arteries and an abstract arterial tree built up by thirteen central arteries. In all simulations, the parameters of the Windkessel model and the parameters of the arteries are based on experiments and on physiological values. In all tests, physiologically realistic results are obtained. After that, the calculations are verified with published results of already accomplished models. The comparison shows very good agreements. Furthermore, the two numerical methods, namely the Taylor-Galerkin and the Discontinuous Galerkin method, are compared by the simulation of one arterial segment. The same results are obtained with both methods. However, it can be seen that the Discontinuous Galerkin method has a higher computational efficiency than the Taylor-Galerkin method. It can be concluded that the application of a one dimensional Finite Element Method approach along with the particular implementation presented can describe the effects in a system of human arteries in a realistic way and, on top of that, has a shorter computing time. A field of application for this model is the early diagnosis of cardiovascular diseases. With measurements gained from healthy patients, the model can be parameterized. The calculations from this model can be compared with measurements from patients with cardiovascular diseases in order to conclude about abnormal changes in the cardiovascular system.11