Fenomena upwelling di selatan Pulau Sumba selama El Nino kuat diawali pada musim peralihan I dan melemah selama musim peralihan II. Upwelling disebabkan oleh ledakan angin timur yang berhembus selama 5,5 bulan menyebabkan transport ekman menggerakan massa air menjauhi pantai dan mendominasi lintang 10-12LS selama musim timur. Hasil perhitungan kedalaman ekman secara teoritis mengindikasikan bahwa air upwelling berasal dari kedalaman 31 – 75 meter dengan temperatur berkiasan antara 26 - 27C. Indikasi ini bersesuaian dengan SPL hasil rekaman citra satelit dan distribusi suhu vertikal yang diukur oleh Argo Drifter. Upwelling juga dikarakteristikan oleh suhu permukaan perairan yang rendah dan tingginya konsentrasi klorofil-a. Kontribusi upwelling dalam meningkatkan produktivitas primer perairan dikategorikan tinggi (44%) selama musim timur dibandingkan dengan musim lainnya
