Identification par séquençage du génome entier d’une inversion de 140 Kb dans le locus GNAS impliquant NPELP1 et l’exon 1 du gène XLas dans une famille présentant une pseudohypoparathyroïdie de type Ib autosomique dominante (AD-PHP1b)

Abstract

International audienceLe locus GNAS code pour la sous-unité alpha de la protéine G stimulatrice (Gsα) et des transcrits supplémentaires soumis à l’empreinte. La pseudohypoparathyroïdie de type 1b (PHP1b) est caractérisée par une résistance rénale à la PTH (et parfois une résistance modérée à la TSH), qui survient généralement en l'absence d’autres caractéristiques de l'ostéodystrophie héréditaire d'Albright. La PHP1b est causée par des modifications épigénétiques au niveau d'une ou plusieurs régions différentiellement méthylées (DMR) dans le locus GNAS. La cause génétique la plus fréquente de PHP1b autosomique dominante (AD-PHP1b) est la délétion du gène STX16 sur l’allèle maternel, qui conduit à une perte isolée de la méthylation (LOM) du DMR A/B. D'autres mécanismes moléculaires plus rares sont décrits, en particulier des anomalies du nombre de copies (délétion/duplication) englobant un ou plusieurs DMR (NEPS55, NESPAS, XLαs).Nous avons étudié une famille avec deux membres atteints, le cas index et sa sœur, présentant un phénotype typique de PHP1b. Un séquençage Sanger et une analyse par MS-MLPA du locus GNAS ont été réalisés pour les deux enfants et leurs parents. Un séquençage du génome entier (WGS) a été réalisée pour le cas index: la préparation de la libraire a utilisé le kit NEBNext, le séquençage a été effectué sur une plateforme Illumina, les séquences ont été alignées au génome humain de référence GRCh38 et les données ont été traitées en utilisant le pipeline GATK. L'inversion a été confirmée par une analyse Sanger et par une analyse PCR de l'ADN génomique en utilisant des amorces conçues pour amplifier spécifiquement les deux points de cassure.Le séquençage Sanger ne retrouvait pas de mutation dans le gène GNAS. L'analyse par MS-MLPA n’a pas été mis en évidence d’anomalies du nombre de copies dans le locus GNAS mais a révélé chez le cas index et sa sœur une LOM complète au DMR A/B, une LOM partielle au DMR XLαs (25%) et une méthylation normale sur les autres DMRs AS et NESP. La méthylation était normale pour les parents. Le WGS a révélé une inversion paracentrique de 140 kb avec comme points de cassure en 5 ’: chr20: 58714222 (intron NPEPL1) et en 3’chr20: 58854618 (exon 1 XLαs). Ces points de cassure ont été confirmés par analyse Sanger pour les deux patients. Des amplicons ont été obtenus pour le cas index, sa sœur et sa mère, alors qu'aucun produit de PCR n'a été généré pour l'ADN du père.Nous avons détecté dans une famille avec AD-PHP1b un nouveau réarrangement par WGS: une inversion en 20q13.3 qui inclut la région située entre NPELP1 et XLαs. À notre connaissance, une seule inversion a été décrite dans AD-PHP1b, qui comprenait l'intégralité du DMR A/B et du gène GNAS. Ces résultats font suspecter la présence d’un nouveau centre d’empreinte dans la région inversée. Des études complémentaires sont nécessaires pour vérifier cette hypothèse