En el proceso de transformación del café específicamente en el beneficiado húmedo, existe una conciencia generalizada sobre la necesidad de buscar soluciones de corto plazo que permitan reducir al máximo la contaminación del medio ambiente, sin afectar negativamente la productividad de sus industrias y la calidad final del grano. En materia de apropiación e innovación tecnológica; por lo general el beneficiador carece de un adecuado asesoramiento para identificar el proceso de reconversión que mejor se adapte a su situación particular. Las principales debilidades encontradas en la aplicación de la tecnología en el proceso de transformación del café es la falta de financiamiento tanto a productores como a beneficiadores de café lo que no les permite realizar innovaciones en su maquinaria, remodelaciones en sus beneficios y fincas y tienen que seguir trabajando con maquinaria obsoleta que utilizan desde hace 40 años. En la actualidad algunos productores con la ayuda de organismos internacionales han realizado cambios tecnológicos en el proceso de transformación del café teniendo un mayor impacto en el medioambiente con el uso de los subproductos del proceso de beneficiado húmedo en elaboración de compostajes (lombricultura, lagunas de filtración), conforman el beneficiado ecológico; en relación al beneficio seco algunos beneficios están haciendo uso de la clasificadora conocida como ojo electrónico. Las principales alternativas en maquinarias son las siguientes: En el beneficiado húmedo (Desmucilaginador mecánico que reduce el tiempo de fermentación, disminuye el consumo de agua en el despulpado, tornillos helicoidales que transportan café y pulpa en el despulpado ecológico); en el proceso Semi industrial (ojo electrónico, banda transportadora de sacos, mezcladora de café) lo que le permite una mayor productividad en el proceso de transformación del caf