Se describe la variación de la composición específica, densidad poblacional y el comportamiento de los grupos funcionales del zoobentos en nueve localidades
representativas del Río San Juan y algunos de sus tributarios, en muestras tomadas en los años 1993, 1994 y 1997. Los resultados muestran que en la mayoría de las estaciones el número de especies osciló entre 0 y 4. Sólo en Río Sarapiquí, en 1997, el número de especies fue de 15. La densidad poblacional por especie fue de 7-88 ind.m-² en un 90% de los casos. Pocas especies, tales
como el oligoqueto Limnodrilus hoffmeisteri y quironómido Polypedilum sp., alcanzaron densidades mayores de 100 ind.m-². Sólo una especie, el gasterópodo Hydrobia sp., el cual se reportó una sola vez durante el estudio, alcanzó 305
ind.m-². En algunos puntos no se reportaron organismos bénticos durante el estudio. Los grupos funcionales mostraron una falta de integridad de la comunidad béntica. Sólo el 4% de los casos presentó tres grupos funcionales. En
51% de los casos se encontraron dos grupos funcionales. En los demás casos sólo se reportó un grupo o ninguno. Depredadores y Colectores fueron los grupos más frecuentemente encontrados compartiendo el mismo ambiente. La presencia de plaguicidas, desechos de actividad industrial y desechos orgánicos provenientes de las comunidades humanas asociadas al Río y su cuenca, podrían
ser las causas que provocaron trastornos en la comunidad béntica de Río San Juan, en el período estudiado
