El estudio de la comunidad bacteriana, se llevó a cabo en los lagos de Asososca, Masaya y Tiscapa, durante el período de Enero a Diciembre de 1991. En el Lago de Masaya se observaron las concentraciones más altas de bacterias totales (1.35 x10 -7 bact/ml). El porcentaje de cianobacterias en los 3 lagos fue mayor en
Asososca entre el 4.2 y el 20%, del total de bacterias. Se encontró una correlación significativa entre bacterias totales y clorofila (r = 0.58, r = 0.67) y bacterias totales y producción primaria ( r = 0.50, r = 0.65). En cambio en el lago de Tiscapa la abundancia de bacterias totales estuvo más relacionada con fósforo total ( r = 0.58 ) y la clorofila –a ( r= 0.79)