El uso del agua del Río San Juan y sus tributarios fue caracterizado en base al modus vivendi antropogénico, estimado en un 30% para transporte, 30 % pastoreo, 30%
actividades domésticas y un 10% para eliminación de excretas. Ocho Ríos y sus desembocaduras al Río San Juan fueron estudiados mediante la captación de muestras de aguas superficiales para el análisis bacteriológico fecal y total . El 60 % de las muestras en estudio están relacionadas con zonas pobladas habiendo captado
las muestras en el 80% a menos de 100 metros de la costa, donde en el 73% de los sitios se caracteriza en la tierra circundante por actividad agrícola, turística, ganadera,
de tránsito lechero y de pastoreo, a pequeña y mediana escala, específicamente en los sectores de los Ríos Melchora, San Carlos, Pocosol, Sarapiquí , Bartola y El Castillo. La calidad del agua en base a indicadores bacterianos coliformes totales, se observó
no apta para consumo sin tratamiento en el 100% de las muestras donde se evidencian mayores contaminantes para 1993 y 1994 , siendo característico que el
46.6% de los datos para 1993 (período lluvioso) presentan picos bacterianos en los Ríos Melchora
(2400 NMP/100ml) , Desembocadura del Melchora, El Castillo , Pocosol, y Desembocadura del San Carlos.
El 46.6 % de los resultados de coliformes totales evidencian valores más altos para
1994 pero en menores concentraciones que para 1993, probablemente relacionada a la disminución de las escorrentías por la época de verano que sobrepasan la norma de 10 bacterias /100 ml .
Una persistencia del 87% de contaminantes coliformes fecales fue observada en todos
los 15 puntos , con mayores aportes en los Ríos Melchora y El Castillo. El 100 % de las desembocaduras se encontraron contaminadas con coliformes fecales con
mayores concentraciones en la Desembocadura del R. San Carlos y del Melchora ,
cualificando el agua como no apta para consumo humano por la alta concentración de
indicadores fecales pero satisfactoria para irrigación de plantaciones y baño sin
contacto directo, cuando las concentraciones de coliformes fecales sean menores o
iguales a 1000 coliformes fecales por 100 ml, tal como fue apreciable en el 75 % de los
puntos.
Calidad de agua con fines recreacionales se observaron aptas para el 37% y 50% de
los hallazgos no así para el Río Melchora con 460 y 200 NMP/100ml y su desembocadura con 460 y 510 NMP/100ml)
