Un estudio sobre la composición y la distribución de la comunidad del fitoplancton se llevó a
cabo en ocho tributarios del Río San Juan en tres fechas diferentes: septiembre 1993, mayo
1994 y mayo 1997. Se identificaron un total de 65 géneros y 54 especies pertenecientes a los
grupos: Chlorophyta (28), Bacillariophyta (21), Cyanophyta (9), Euglenophyta (3), Dinophyta
(2) y Cryptophyta (2). Los valores de biomasa peso-húmedo y densidad poblacional en los
puntos aguas arriba de los ríos tributarios son inferiores a las que se registraron en sus
respectivas desembocaduras. Las diatomeas estuvieron presente en todos los puntos aguas
arriba, exceptuando los ríos Bartola y Sábalos (1994). Sobresalieron las especies: Fragilaria
ulna, en cuanto a aporte a la biomasa total (más del 55% en los puntos aguas arriba) y
Microcystis aeruginosa en contribución numérica en las desembocaduras de los tributarios
durante los años 1993 y 1994. La distribución en el eje horizontal de la biomasa, densidad
poblacional y riqueza de especies de la comunidad del fitoplancton en los diferentes
tributarios del Río San Juan es heterogénea, probablemente, como respuesta a la velocidad
y cambios del flujo de las corrientes lo cual ejerce un efecto regulador