El incremento de la prevalencia de conductas y trastornos que pueden afectar gravemente el bienestar emocional infantil es un hecho. Sin embargo, aunque la relación causal entre condición física y salud biológica se encuentra bien establecida, la asociación entre la condición física y algunas dimensiones de la salud psicológica es menos evidente. El objetivo de esta investigación fue analizar la relación entre la condición física y el bienestar emocional de escolares. Se realizó un estudio inferencial mediante análisis de la covarianza ajustada por edad en una muestra de 212 escolares (120 mujeres) de 7 a 12 años de edad, seleccionada por conveniencia, en la que se aplicó la Batería ALPHA-fitness para medir la condición física y el Strengths and Difficulties Questionnaire para evaluar el bienestar emocional. Los resultados mostraron que los participantes con mayor condición física (X > P50) obtuvieron valores más positivos en problemas de conducta (p = .002), hiperactividad (p P50) obtiveram valores mais positivos em problemas de conduta (p = .002), hiperatividade (p P50) had more positive values in behavior problems (p = 0,002), hyperactivity (p < 0,001), problems with partners (p = 0 ,028), prosocial behavior (p < 0,001) and total score of difficulties (p = 0,029). Students with a lower level of total difficulties score (X < P 40 ) had a better performance in 4 x 10m (p = 0,010), manual dynamometry (p = 0,050), Course-Navette (p = 0,050) and general fitness (p = 0,040) with respect to those with medium and high levels. These results suggest a positive and bidirectional relationship between fitness and emotional well-being in primary school children. Therefore, it reinforces the need to promote programs to improve health related fitness and assess their effect on the psychological abilities of school children