El lenguado senegalés (Solea senegalensis) es un teleósteo perteneciente al orden de los Pleuronectiformes y a la familia Soleidae. Se trata de una especie muy apreciada gastronómicamente y de alto valor comercial, que actualmente se cultiva a gran escala en piscifactorías de toda Europa. A pesar de que la producción del lenguado senegalés ha seguido una tendencia ascendente con los años, aún existen una serie de dificultades en su cultivo en cautividad, como la susceptibilidad a enfermedades, la pérdida del instinto de cortejo de los machos, o anomalías en la pigmentación y la metamorfosis. Al mismo tiempo, el desconocimiento de las bases genéticas del lenguado, dificultan el desarrollo de programas de mejora genética que permitan aumentar el rendimiento de los cultivos.
El presente trabajo contribuye a aumentar la información genómica de S. senegalensis disponible hasta la fecha, incrementando la densidad del mapa genético actual. Con ese objetivo, se realizó el estudio de las secuencias génicas contenidas en 5 BACs (Cromosoma Bacteriano Artificial) rastreados a partir de una genoteca BAC de S. senegalensis. Estos BACs contenían genes relevantes (c8a, sfsr3a, bpg, aanat1 y rps6kb1) relacionados con el sistema inmune y la metamorfosis del lenguado senegalés. Tras secuenciar cada uno de los BACs, se realizó la anotación de los genes que contenían y se determinó su ontología. Un total de 35 nuevos genes fueron descritos, destacando 15 genes implicados en caracteres relevantes en acuicultura, como el desarrollo del sistema nervioso (myh10 y ptprg), la diferenciación y proliferación celular (ube2o, ppp4r2, oard1 y pgap6), el desarrollo y funcionamiento del sistema inmune (foxp1b, c8a, c8b, fyb2 y tfrc), la regulación del estrés (fkbp5) y el control del ciclo circadiano y desarrollo de la metamorfosis (aanat1, srsf3a y rps6kb1). Mediante el análisis de la microsintenia, se determinó el orden relativo de los genes anotados en S. senegalensis utilizando como referencia las especies filogenéticamente más cercanas, observándose una alta conservación con las regiones génicas estudiadas.
La aplicación de la hibridación in situ de fluorescencia permitió determinar la morfología de los cromosomas sobre los que hibrida cada BAC, situándose el BAC 10F5 (c8a) en la pareja de cromosomas metacéntricos mayor (cromosoma 1) y el resto de BACs en cromosomas acrocéntricos, sin determinar de forma exacta su localización. Finalmente, unificando la información genética obtenida del estudio de las secuencias y la hibridación in situ de fluorescencia, se aumentó la densidad del mapa genético integrado de S. senegalensis.Senegalese sole (S. senegalensis) is a teleost belonging to the order of the Pleuronectiformes and the family Soleidae. It is considered a highly valued species, both gastronomically and for its high comercial value, that is currently being cultivated on a large scale in plenty of fish farms across Europe. Despite the senegalese sole production has followed an increasing tendency over the last years, there still exist certain difficulties in its cultivation in captivity, such as disease susceptibility, the loss of courtship instinct in males or pigmentation and metamorphosis abnormalities. At the same time, the lack of knowledge of genetic bases of the sole, make it difficult to develop genetic improvement programs that allow to increase the culture yields.
This work contributes to increase the genomic information in S. senegalensis that is available until date, allowing to augment the current genetic map density. With this objective, the study of gene sequences contained in 5 BACs (Bacterial Artificial Chromosomes), tracked from a BAC library of S.senegalensis, was carried out. These BACs contained relevant genes (c8a, sfsr3a, bpg, aanat1 and rps6kb1) related to immune system and metamorphosis of senegalese sole. After sequencing, both annotation and ontology determination of the genes contained in the BACs were carried out. A total of 35 genes were described, standing out 15 genes that were involved in important traits in aquaculture, such as development of nervous system (myh10 and ptprg), cell proliferation and diferenciation (ube2o, ppp4r2, oard1 and pgap6), development and operation of immune system (foxp1b, srsf3a, c8a, c8b, fyb2 and tfrc), stress regulation (fkbp5) and control of circadian cycle and metamorphosis (aanat1 and rps6kb1). Analyzing the microsinteny, the relative order of the annotated genes in S. senegalensis, using as a reference the phylogenetically closest species, was determined, observing a high conservation with the studied gene regions.
The fluorescence in situ hybridization was applied to determine the morphology of the chromosomes on wich every BAC hybridize. The BAC 10F5 (c8a) was located on the biggest metacentric couple of chromosomes (chromosome 1) and the rest of the BACs in acrocentric chromosomes, not specifying its exact location. Eventually, unifying genetic information from the study of sequences and fluorescence in situ hybridization, the density of the integrated genetic map of S. senegalensis was increased
