El análisis de la salinidad durante tres campañas de monitoreo (2002-2004, 2005-2008 y 2011-2012), permite establecer que el sector estuarino del HNTS se divide en una zona norte con una fuerte influencia del Río Grande de Térraba y características de un estuario parcialmente mezclado durante el periodo de caudales bajos (diciembre-abril), mientras que se asemeja a un estuario estratificado de cuña salina durante los caudales intermedios (mayo-agosto) y caudales altos (setiembre-noviembre). La zona central, con una mayor influencia marina, presenta características de un estuario bien mezclado o verticalmente homogéneo, mientras que la zona sur del estuario, bajo la influencia del Río Sierpe, se mantiene parcialmente mezclado a lo largo del año. Los primeros siete kilómetros aguas abajo de Ciudad Cortés presentaron una condición fluvial muy bien definida con salinidades inferiores a 1ups, a partir del kilómetro 14 se observa un incremento gradual de los valores de salinidad hasta 30ups hacia la desembocadura, reflejando una mayor influencia de las mareas en este último tramo (F1,47=2.5, p<0.001). El eventual desarrollo del Proyecto Hidroeléctrico El Diquís podría ocasionar un incremento en el aporte de agua dulce entre un 82 y 66% de los valores mínimos promedio y máximos promedio sobre la zona norte del sector estuarino del HNTS durante el periodo de caudales bajos, lo cual generaría condiciones semejantes a las registradas durante el periodo de caudales intermedios. El monitoreo de las relaciones entre los aspectos físicos-químicos y biológicos es esencial para entendimiento de los posibles cambios en el sector estuarino del HNTS.Este artículo presenta datos sobre los taxones de fauna, con énfasis en poliquetos; hallados en madera en descomposición y sedimentos. El estudio se realizó a través de un gradiente de salinidad dentro de un manglar estuarino de Costa Rica. Se capturaron los organismos destruyendo los leños encontrados en el piso del manglar Térraba. También, se sacó muestras de sedimento con un cilindro plástico. Se encontraron siete filos diferentes en las muestras del sedimento. De los 192 individuos encontrados, 18 eran poliquetos, con nueve familias y 11 especies. Al inspeccionar las muestras de madera en descomposición se encontró 2 564 individuos, distribuidos en cinco filos. Los poliquetos sumaron 429 individuos en ocho familias y 16 especies. Aunque los poliquetos fueron más abundantes en la madera deteriorada, su diversidad fue mayor en las muestras de sedimento. La abundancia de poliquetos en los leños se asoció negativamente con el número de individuos de Mollusca, Hexapoda y Crustacea. Se encontró que el gradiente de salinidad explica en gran medida el cambio en la composición de fauna. La disimilitud en la composición de fauna bentónica hallada en la madera deteriorada y los sedimentos en el manglar de Térraba, indicó que la biodiversidad aumenta al interior del manglar, gracias a la diversidad de micro hábitats. Finalmente varios géneros o especies de poliquetos son nuevos registros para Costa Rica y en general para la Costa Pacífica Centroamericana