Six chaetognath species were determined, all for the first time, in the inner waters between Reloncaví Fjord and Boca del Guafo, Chile. Sagitta tasmanica (85.3%) and Eukrohnia hamata (5.8%) were dominant. Sagitta minima was collected for the first time in the southern channel and fjord region. The largest chaetognath aggregations were found around the Desertores Islands, which create a geographic barrier between two microbasins (north and south) with different oceanographic characteristics. S. decipiens was distributed mostly in the surface layer (0-50 m), whereas E. hamata, S. chilensis, S. minima, and S. enflata were found in deeper waters (50-200 m). The vertical distribution of S. tasmanica was homogeneous; mature, egg-carrying individuals were found at greater depths than those without eggs.Se determinó la presencia de seis especies de quetognatos, todas ellas registradas por primera vez en aguas interiores comprendidas entre el fiordo Reloncaví y la boca del Guafo, Chile. Las especies dominantes fueron Sagitta tasmanica (85,3%) y Eukrohnia hamata (5,8%), mientras que S. minima se colectó por primera vez en el ecosistema de canales y fiordos australes. Las mayores agregaciones de quetognatos se determinaron alrededor de las islas Desertores, que constituyen una barrera geográfica entre dos microcuencas de diferentes condiciones oceanográficas. La distribución vertical de S. decipiens presentó una preferencia por el estrato superficial, mientras que E. hamata, S. chilensis, S. minima y S. enflata se capturaron preferentemente a mayor profundidad. En cambio, S. tasmanica se distribuyó homogéneamente en la columna de agua, pero los individuos maduros con huevos se encontraron a mayor profundidad que los que no transportaban huevos
