Badanie profilu ekspresji genów techniką mikromacierzy
DNA wykonywane jest albo w próbkach guza, albo w izolowanych
komórkach nowotworowych uzyskanych techniką mikrodyssekcji. W tym przypadku uzyskuje się znacznie
lepszą informację o ekspresji genów związanych z transformacją nowotworową, ale zebranie wystarczającej ilości
nieuszkodzonego RNA jest bardzo trudne i w praktyce klinicznej
niemożliwe. Wyjściem kompromisowym jest próba odniesienia profilu ekspresji genów do procentowego
udziału komórek nowotworowych w utkaniu guza. Rak
brodawkowaty tarczycy (PTC, papillary thyroid carcinoma)
należy do tych guzów nowotworowych, które charakteryzują się dużym udziałem podścieliska. Udział komórek nowotworowych
w utkaniu raka brodawkowatego oceniano
przez przybliżone badanie liczby komórek widocznych
w 10-18 polach widzenia oraz badanie korelacji między tą informacją a profilem ekspresji genów, uzyskanych metodą
mikromacierzy DNA. Badanie wykonano w 40 przypadkach
raka brodawkowatego tarczycy i stwierdzono, że odsetek
komórek PTC waha się od 20-95% i tylko w około 1/4 przypadków przekracza 75%. Wykazano, że trafne rozróżnienie
profilu ekspresji guza nowotworowego od prawidłowego
utkania tarczycy jest możliwe, gdy odsetek komórek
nowotworowych przekracza 25-30%.Sygnał informacyjny wynikający z badania profilu ekspresji
genów metodą mikromacierzy DNA jest w raku brodawkowatym
tarczycy bardzo silny i pozwala na prawidłowe
rozróżnienie utkania nowotworowego od utkania prawidłowego nawet w przypadkach, gdy odsetek komórek nowotworowych
waha się w zakresie 25-50%. Wniosek ten
zachęca do kontynuacji badań mikromacierzowych, gdyż
silnie wskazuje na możliwość uzyskania sygnatury genowej
przydatnej w rutynowej diagnostyce raka brodawkowatego
tarczycy w materiale uzyskanym z biopsji podejrzanego
guza.Studies of gene expression profile using DNA microarray
technology are usually performed using either tumor-derived
sample material or isolated neoplastic cells obtained
through microdissection. The scope of information about
neoplastic transformation gained from studying profile of
gene expression in microdissected samples would be much
wider but collection of sufficient amounts of intact RNA is
very difficult. A compromise could be reached by relating
gene expression profile to percentage of neoplastic cells in
the investigated tissue sample. The ratio of neoplastic cells
in the investigated sample of papillary thyroid cancer was
assessed through evaluation of approximated count of cell
number in 10-18 examined image fields. This information
was related to gene expression profiles obtained from DNA
microarrays. The study involved 40 cases of papillary thyroid
cancer; the percentage of PTC cells varied between
20 and 95% and only in half of the cases exceeded 75%. Correct
differentiation of tumor and normal sample by means
of gene expression profile was possible only when the percentage
of tumor cells exceeded 25-30%. Seventeen genes
showing the best correlation with the tumor cell numbers
were selected and their classification potential was evaluated.Strength of information derived from gene expression profile
studies by DNA microarrays in papillary thyroid cancer
cells is very reliable and permits distinguishing correctly
between normal and neoplastic tissues even when the percentage
of cancer cells does not exceed 25-50%. However,
the differentiation potential of gene expression profile is not
markedly improved by selection of genes showing best correlation
with the number of tumor cells
