Introdução: A Clorexidina é um produto usado para diminuir microbiota oral e possui excelente atividade bactericida, age ainda contra fungos e leveduras, com uma baixa toxidade sendo empregada em diversas áreas da saúde, veterinária, farmacêutica e alimentícia. O Ozônio é um produto que vem se destacando pelos efeitos positivos como bactericida, fungicida, vermicida, analgésico, anti-inflamatório além da facilidade de produção, baixo custo, não poluente, sem a necessidade do armazenamento e transporte. Objetivo: Esse trabalho objetiva comparar a eficácia do Ozônio como enxaguatório bucal no controle bacteriano, e comparar sua eficiência com a Clorexidina, visando pesquisas futuras no controle microbiológico. Metodologia: O mesmo aprovado pelo CEP/FPM 2.662.642 em 17 de maio de 2018 consiste numa pesquisa experimental qualitativa/quantitativa, randomizada e em duplo cego, coletou-se amostras do fluido bucal com Swab estéril de 40 indivíduos, ambos os sexos, faixa etária 18 a 50 anos, previamente e após o uso de bochechos por um minuto com 2,5 ml de um dos respectivos matérias, Clorexidina 0,12% (CL12 n=20) ou água ozonizada 60mg/ml (O3 n=20). Os Swabs foram depositados em tubo estéril de 6ml com um meio de enriquecimento microbiológico o Tioglicolato. A leitura de densidade óptica foi feita por turbidimetria de massa em Espectrofotômetro e usado à escala nefelométrica 0,5 de MacFarland (1,5x108 UFC/ml) para determinar intensidade da multiplicação bacteriana através de turvação. Resultados: Os dados foram organizados em tabela e separados nos grupos correspondentes. A análise dos resultados feita por porcentagem, pois o “n” foi baixo para análises estatísticas. Em ambos os grupos foi possível notar diminuição no volume total de bactérias, sendo de 39,62% Clorexidina é de 13,83% Ozônio. Discussão: A Clorexidina tem eficácia na redução bacteriana, mas mesmo com baixa toxicidade ela ainda não é o produto ideal em todas as situações por isso, novos produtos são testados visando eficiência igual ou superior, e menor toxicidade. O Ozônio é um produto que vem se destacando pelos efeitos positivos de bactericida, fungicida, vermicida, analgésico, anti-inflamatório além da facilidade de produção, baixo custo e não poluente. Mas novos estudos deveram ser feitos para a criação de protocolos que estabeleçam não só a concentração ideal como ainda o tempo de uso do produto são necessários
