The molecular biology techniques that are used in allelic discrimination for individual and sheep breedscharacterization are important tools in breeding programs and conservation of genetic resources. The use ofmicrosatellite markers allows allelic differentiation, which in turn allows us to infer the genetic variability of samplepopulations. The study aimed to test the sensitivity and efficiency of fluorescent capillary electrophoresis, using microsatellite primers, for allelic discrimination of the Crioulo breed from Pantanal sul-matogrossense, as well asverify the possibility of using the products of sequencing in genetic variability analysis. For this test, were used bloodsamples from Pantaneira breed sheep. The allelic discrimination of eight microsatellites was determined by capillaryelectrophoresis in automatic sequencer and the results analyses were performed on the programs CERVUS andDendro-UPGMA. The results indicated the possibility of using this technique for the individual genotyping of all locitested in electrophoretic analysis and its potential to allelic discrimination even in case of difference between twopairs of bases between the alleles. The resulting dendrogram based on the distance matrix by the UPGMA assemblymethod, indicated medium similarity coefficient of 0.72 in the group of animals. It was concluded that there is theviability and efficiency of the microsatellite molecular markers technique using capillary electrophoresis for allelicdiscrimination and the utility of results for studies of genetic variability, paternity diagnosis and characterization ofthe Crioulo sheep herd from Pantanal sul-matogrossense. As técnicas de biologia molecular que são utilizadas na discriminação alélica para caracterização individual e de raçasde ovinos são ferramentas importantes nos programas de melhoramento genético e de conservação de recursosgenéticos. A utilização de marcadores moleculares microssatélites possibilita a diferenciação alélica, que por sua vezpermite inferir a variabilidade genética de populações amostrais. O estudo teve como objetivo testar a sensibilidade ea eficiência da eletroforese capilar fluorescente, utilizando oligonucleotídeos iniciadores de microssátelites, paradiscriminação alélica da raça crioula do pantanal sul-matogrossense, bem como verificar a possibilidade de utilizaçãodos produtos do sequenciamento em análises de variabilidade genética. Para o referido teste foram utilizadas amostrasde sangue provenientes de ovinos da raça pantaneira. A discriminação alélica dos oito microssatélites foi determinadapor meio de eletroforese capilar em sequenciador automático e as análises dos resultados foram realizadas nosprogramas CERVUS e Dendro-UPGMA. Os resultados indicaram a possibilidade da utilização da técnica para agenotipagem individual de todos os loci testados numa corrida eletroforética e a sua potencialidade paradiscriminação alélica mesmo em situações de diferença de dois pares de bases entre os alelos. O dendrogramaresultante baseado na matriz de distância pelo método de agrupamento UPGMA, indicou coeficiente de similaridademédio de 0.72 no grupo de animais. Foi possível concluir que existe viabilidade e eficiência da técnica de marcadoresmoleculares microssatélites utilizando eletroforese capilar para discriminação alélica e a utilidade dos resultados paraestudos de variabilidade genética, diagnóstico de paternidade e caracterização do rebanho de ovinos crioulos doPantanal Sul-mato-grossense
