A 16S rDNA-based nested PCR protocol to detect Campylobacter gracilis in oral infections

Abstract

O objetivo deste estudo foi descrever um método de "nested" PCR baseado na fração 16S do rDNA para investigar a ocorrência de Campylobacter gracilis em infecções orais. Amostras foram coletadas de dez casos de canais radiculares infectados, dez casos de abscesso perirradicular agudo e oito casos de periodontite do adulto. O DNA extraído das amostras foi inicialmente amplificado usando "primers" universais para o gene do 16S rDNA. Uma segunda etapa de amplificação empregou os produtos de PCR gerados na primeira reação para detectar C. gracilis usando "primers" desenhados a partir de uma região específica para essa espécie localizada no gene do 16S rDNA. O método usado neste estudo apresentou um limite de detecção de 10 células de C. gracilis e ausência de reatividade cruzada com outras espécies bacterianas orais. C. gracilis foi detectado nos três tipos de infecções orais investigadas - 4/10 canais radiculares infectados; 2/10 casos de abscesso perirradicular agudo; e 1/8 espécimes subgengivais de casos de periodontite do adulto. O método proposto neste estudo foi altamente sensível e específico na detecção direta de C. gracilis em amostras clínicas de infecções endodônticas, abscessos e placa subgengival. Nossos achados confirmam que C. gracilis pode ser um membro da microbiota associada com infecções orais distintas e seu papel específico em tais doenças requer posterior elucidação.The aim of this study was to describe a 16S rDNA-based nested polymerase chain reaction (nPCR) assay to investigate the occurrence of Campylobacter gracilis in oral infections. Samples were collected from ten infected root canals, ten cases of acute periradicular abscesses and eight cases of adult marginal periodontitis. DNA extracted from the samples was initially amplified using universal 16S rDNA primers. A second round of amplification used the first PCR products to detect C. gracilis using oligonucleotide primers designed from species-specific 16S rDNA signature sequences. The nPCR assay used in this study showed a detection limit of 10 C. gracilis cells and no cross-reactivity was observed with nontarget bacteria. C. gracilis was detected in the three types of oral infections investigated - 4/10 infected root canals; 2/10 acute periradicular abscesses; and 1/8 subgingival specimens from adult periodontitis. The method proposed in this study showed both high sensitivity and high specificity to directly detect C. gracilis in samples from root canal infections, abscesses, and subgingival plaque. Our findings confirmed that C. gracilis may be a member of the microbiota associated with distinct oral infections, and its specific role in such diseases requires further clarification