La ingeniería genética constituye ser una herramienta esencial para la manipulación de genomas en biología molecular. Permitiendo romper con ciertas barreras que la naturaleza impuso a la humanidad al introducir genes foráneos de otras especies. El presente trabajo tiene como objeto de estudio al gen manipulable, por ello la necesidad de reflexionar sobre su aproximación ontológica y epistemológica, así como revisar los temas más polémicos los cuales son el mejoramiento genético y la caracterización de genomas. Desde el punto de vista epistemológico la ingeniería genética debe de resolver una serie de retos intrigantes sobre la exactitud en cuanto a su metodología. Por otro lado ontológicamente el ser vivo merece respeto, mucho más el ser humano por su alcance moral y su apoyo legal. El verdadero despegue de la ingeniería genética solo será alcanzado a medida que la ciencia vaya desarrollándose, creándose nuevos paradigmas que refuten nuestra actual ideología de pensar.Palabras clave: Ontología, epistemología, ingeniería genética