Escherichia coli (E. coli) est l’une des principales bactéries commensales primo-colonisatrices du tractus intestinal du nouveau-né. Au sein de cette espèce bactérienne ubiquitaire, certaines souches possèdent un îlot génomique pks regroupant les gènes permettant la synthèse d’une génotoxine, la colibactine. Cette toxine induit des cassures double brin de l’ADN in vitro dans des cellules eucaryotes en culture et in vivo dans les cellules intestinales. La période néonatale est une période critique au cours de laquelle l’épithélium intestinal est directement exposé à ces bactéries primo-colonisatrices. Afin d’examiner les conséquences de la colonisation néonatale par des E. coli commensales produisant la colibactine, les objectifs de cette étude ont été (1) de déterminer la fréquence de mutation dans un gène rapporteur mobilisable (cII), intégré dans le génome de cellules eucaryotes infectées par une souche de E. coli porteuse de l’îlot génomique pks; (2) de cartographier dans un modèle de colonisation néonatale les sites de contact bactéries/cellules ainsi que les cellules dont l’ADN a été endommagé. La génération de mutants cII m’a permis de montrer une augmentation significative de la fréquence de mutant chez les cellules infectées par les bactéries pks+, et de constituer une banque de gènes cII mutés dont le séquençage permet de caractériser la nature des mutations induites par la colibactine. Mon travail a également mis en évidence in vivo la distribution spatiale dynamique des dommages à l’ADN, des glandes intestinales vers l’épithélium de surface, en fonction du développement de la muqueuse intestinale. L’ensemble de ce travail pose les bases de l’étude de la mutagenèse résultant de l’acquisition néonatale d’une souche de E. coli produisant la colibactine
