Considerando la importancia del tomate como cultivo hortícola, el presente estudio se realizó con el fin de aportar información in situ y ex situ usando seis muestras de poblaciones d tomate silvestre (Lycopersicum spp.), endémicas de la Reserva de Recursos Genéticos de Apacunca (RRGA). Se implementaron normas de riego (0.4, 0.7 y 1.1 litros/planta/día) y niveles de biofertilizante (0, 100, 200 y 300 cc por bombada de 20 litros). Los experimentos establecidos ex situ fueron arreglados en diseños en franjas con tres réplicas y se utilizaron análisis univariados y multivariados en datos morfológicos. Los estudios in situ y ex situ indican que las poblaciones difieren en algunas variables, en donde variables de frutos y de planta fueron afectadas de manera significativa por las normas de riego y los niveles de biofertilizante, respectivamente. La mayor cantidad de frutos se obtuvieron con la dosis intermedia de riego, y los mayores niveles de biofertilizante. Los primeros tres componentes principales aislaron el 73.2 % de la variación total, y las dimensiones del fruto, longitud de tallo y entrenudos en la planta fueron las variables discriminantes entre los tratamiento conformados. Las poblaciones evaluadas in situ, con normas de riego y niveles de biofertilizante conformaron tres núcleos bien diferenciados. Las mediciones realizadas en las poblaciones en su hábitat natural (in situ) fueron menos variantes, en comparación con las poblaciones ex situ y expuestas a tratamientos. Las características encontradas en el tomate silvestre de la Reserva, sugieren que puede ser utilizado en la alimentación de las familias rurales, por lo tanto, se debe asegurar su conservación in situ y ex situ.Palabra clave: Lycopersicum spp, diseños en franjas, normas de riego y biofertilizantes