Kao i druge tako i mljekarska industrija ima otpadnih materijala koji trebaju biti obrađeni prije njihovog ispuštanja u prirodne vodotokove ili na zemljište. Obrada takvih materijala je dosta skupa i može znatno utjecati na cijenu proizvoda koje ta industrija izrađuje, a ako bi bili ispušteni neobrađeni zagadili bi okolinu
