Denizel alglerden DNA izolasyonu için çeşitli yöntemler bulunmaktadır. Ancak bu yöntemler diğer canlılar için kullanılan DNA izolasyon yöntemlerinin modifikasyonlarıdır. Alglerden DNA izolasyonu talluslarında bulunan polisakkaritler ve fenolik bileşiklerden dolayı zor bir işlemdir. Bu çalışmada, Izmir Körfezi’nde toplanan kahverengi alglerden (Scytosiphon lomentaria ve Cystoseira sp., Ectocarpus sp. ) CTAB (cetiltrimethylamonium bromide) yöntemiyle DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş ve elde edilen DNA PCR yöntemi ile çoğaltılmıştır. Bu modifiye yöntem ile moleküler amaçlı çalışmalar için uygun DNA eldesi sağlanmıştır.There are various methods published about DNA extraction from marine algae. These methods are the modifications of several DNA extraction methods from other organisms. Extraction of DNA from seaweeds are difficult processes because of the polysaccharide and polyphenole compounds of their thallus. In this study, DNA is extracted from a brown alga (Scytosiphon lomentaria and Cystoseira sp., Ectocarpus sp. ) collected from the Bay of Izmir by using modified CTAB (cetiltrimethylamonium bromide) protocol and used in PCR analysis. This modified method was also found efficient and applicaple for other molecular purposes