The range of limnological conditions that support Atlantic cod populations in meromictic Arctic lakes is known to be relatively restricted. The degree to which differences in these features, particularly in the availability of allochthonous and autochthonous prey, affect the condition and growth of cod in these populations is unknown. We compared measures of condition among three Atlantic cod populations on Baffin Island, Nunavut, to assess their relationship to differences in potentially important habitat parameters. We also compared data spanning two decades (Ogac Lake) to five decades (Qasigialiminiq) to assess the degree to which natural and anthropogenic factors may have affected these populations. In general, growth rate and asymptotic length tend to be high under situations of intense cannibalism and when alternative prey species are relatively abundant. Biotic and abiotic habitat features in Ogac Lake appear to have been relatively stable since the 1950s, although the abundance of sea urchins appears to have decreased, which may explain the observation that the incidence of cannibalism has doubled. The mean size of angled cod in Qasigialiminiq has decreased by about 10 cm over the past 20 years.L’étendue des conditions limnologiques qui soutiennent les populations de morue franche dans les lacs méromictiques de l’Arctique est reconnue pour être relativement restreinte. La mesure dans laquelle les différences caractérisant ces conditions a une incidence sur l’état et la croissance des morues n’est pas connue, particulièrement en ce qui a trait à la disponibilité de proies allochtones et autochtones. Nous avons comparé les mesures des conditions de trois populations de morues de l’île de Baffin, au Nunavut, dans le but d’évaluer leur relation avec les différences caractérisant des paramètres d’habitat susceptibles d’être importants. Nous avons également comparé des données s’étendant sur deux décennies (lac Ogac) à cinq décennies (lac Qasigialiminiq) pour évaluer la mesure dans laquelle les facteurs naturels et anthropogéniques pourraient avoir une incidence sur ces populations. En général, le taux de croissance et la longueur asymptotique ont tendance à être élevés dans les situations de cannibalisme intense de même que lorsque les espèces de proies de rechange sont relativement abondantes. Les caractéristiques des habitats biotiques et abiotiques au lac Ogac semblent relativement stables depuis les années 1950, bien que l’abondance d’oursins semble avoir diminué, ce qui pourrait expliquer l’observation selon laquelle le cannibalisme a doublé. La grosseur moyenne de la morue prise à la ligne au lac Qasigialiminiq a diminué d’environ 10 centimètres ces20 dernières années
