Chamomile (Matricaria recutita L.) has a long history of use in herbal medicine with various applications, and the flower heads contain numerous medicinally active compounds. Next generation sequencing (NGS) approaches are applied to exploit genetic resources in the major crop plants to develop genomic resources, and to enhance breeding. Genotyping-by-sequencing (GBS) has been used to evaluate the genetic structure of cultivated populations in the non-model crop chamomile using 6495 SNP markers, and to perform a genome wide association study (GWAS) identifying sequences significantly associated with the medicinally important alpha-bisabolol content. Ploidy variation in chamomile was investigated by high-throughput flow-cytometry. Di-, tri- and tetraploid plants were identified, and in field trials characterized. Since seeds are not needed in the harvested product of chamomile, triploidy could be a way to obtain a sterile chamomile variety, omitting the problems of chamomile seeds lying up to 15 years dormant in the soil and facilitating crop rotation in the fields.Die Nutzung von Kamille (Matricaria recutita L.) als Arzneipflanze hat eine lange Tradition und umfasst einen weiten Anwendungsbereich. Die Blütenköpfe von Kamille enthalten eine Vielzahl an medizinisch wirksamen Inhaltsstoffen. Next-Generation Sequenzierungsmethoden (NGS) werden bei den Hauptkulturpflanzen verwendet, um genetische Ressourcen zu erschließen und die Züchtung zu unterstützen. Genotypisierungdurch- Sequenzierung (GBS) wurde bei der Nicht-Modellpflanze Kamille zur Charakterisierung der genetischen Diversität angewandt. Unter Nutzung von den erhaltenen 6495 hochqualitativen SNP-Markern wurden mittels einer genomweiten Assoziationsstudie (GWAS) DNA-Sequenzen identifiziert, die signifikant mit dem pharmazeutisch wichtigen Alpha-Bisabolol-Gehalt assoziiert sind. Die Ploidievariation in der Art Echte Kamille wurde mittels Hochdurchsatz-Durchflusszytometrie untersucht. Di-, tri- und tetraploide Pflanzen wurden identifiziert und in Feldversuchen charakterisiert. Da für das Ernteprodukt bei Kamille keine Samen benötigt werden, könnte Triploidie ein Weg sein, eine sterile Kamillensorte zu erzeugen. Mit einer sterilen Sorte könnte so das Problem gelöst werden, dass Kamillensamen im Boden bis zu 15 Jahre lang nach dem Anbau auskeimen, was den Fruchtwechsel auf den Ackerböden erheblich erschwert und u.a. zur Akkumulation von Kamillenkrankheiten führt
