La detección temprana de malezas y plantas exóticas en áreas protegidas debería ser parte de las estrategias para la conservación de la biodiversidad. El objetivo de este estudio fue generar un inventario de malezas y de especies vegetales exóticas a lo largo de la ciclo-vía en un área protegida y sitio ramsar (Isla Santay), ubicada en la costa ecuatoriana. Se ubicaron transectos en nueve puntos de muestreo a lo largo de la ciclo-vía principal y registramos las especies de plantas vasculares y su abundancia. Se identificaron 52 especies, 23% son introducidas y 77% son nativas. Cuatro de las especies nativas han sido reportadas como malezas. Sphagneticola trilobata y Mimosa pigra son las malezas más frecuentes, ambas se encuentran incluidas en la lista de las 100 peores invasoras del mundo. Pennisetum purpureum y Roystonea oleracea son las especies exóticas más frecuentes y, han sido reportadas como invasoras en humedales en otras regiones. Las malezas y plantas exóticas más frecuentes en Isla Santay son potencialmente dañinas; podrían inhibir la repoblación de plantas nativas y reducir los servicios ecosistémicos que provee Isla Santay. Se requiere una estrategia de manejo para controlar las malezas y plantas exóticas más frecuentes en Isla Santay