A afirmativa de que dentro de um ecossistema podem existir diferentes características ambientais e as populações tendem a se adaptar, é a regra para justificar as variações morfológicas. Assim, a ecomorfologia e a diversidade funcional tentam diagnosticar como e onde estas distintas características ambientais são refletidas na morfologia dos organismos. Neste sentido, partimos da hipótese de que populações de diferentes ambientes na bacia do alto rio Paraná apresentam variações ecomorfológicas e funcionais. Para obter os dados ecomorfológicos foram utilizados setenta indivíduos de Phalloceros harpagos oriundos de diferentes sub-bacias. Foram tomadas vinte e seis medidas morfométricas e calculadas seis áreas corporais. Para análise dos caracteres funcionais foram avaliados, o conteúdo estomacal e a osteologia de cinquenta indivíduos da espécie. Por meio das análises dos dados foi possível constatar e inferir parâmetros de que realmente as populações referentes à diferentes regiões da bacia hidrográfica analisada podem expressar diferenças nos padrões ecomorfológicos e funcionais. Diferenças essas relacionadas com as características ambientais de ecossistemas muitas vezes impactados por ações antrópicas, além de competições interespecíficas com espécies exóticas ali inseridas. Os impactos antrópicos diagnosticados nestes ambientes indicam que as ações de preservação, mitigação e/ou compensação ambiental são necessárias para manter a estrutura funcional destas populações.Palavras-chave: Adaptação, Características ambientais, Cyprinodontiformes, Degradação ambiental, Morfologia.The assertion that within an ecosystem may exist different environmental characteristics and the populations tend to adapt, is the rule to justify the morphological variations. Thus, Ecomorphology and functional diversity try to diagnose how and where these different environmental characteristics are reflected in the organisms morphology. In this sense, our hypothesis was that populations of different environments in the Upper Paraná River Basin have ecomorphological and functional variations. For obtain Ecomorphological data were used seventy individuals of the Phalloceros harpagos from different sub-basins. Twenty-six morphometric measurements and calculated six body areas were taken. For analysis of the functional traits were evaluated, the stomach contents and osteology of fifty individuals of the species. The data analysis allowed noted and infer parameters about populations related to different regions can express differences in ecomorphological and functional standards. These differences related to the environmental characteristics of ecosystems often affected by human activities, and interspecific competition with alien species inserted there. The human impacts diagnosed in these environments indicate that conservation actions, mitigation and/or environmental compensation are necessary to maintain the functional structure of these populations.Keywords: Adaptation; Environmental Characteristics; Cyprinodontiformes; Environmental degradation; Morphology