Résumé: Introduction: Nous avons réalisé ce travail pour évaluer l’apport du test GeneXpert MTB/RIF dans le diagnostic de la tuberculose toute localisation confondue, la tuberculose pulmonaire à bacilloscopie négative (TPB-) et la tuberculose pleurale dans deux services de Pneumologie de deux Centres Hospitaliers Universitaires à Antananarivo.
Méthodes: Il s’agit d’une étude rétrospective transversale descriptive et analytique de Janvier 2016 à Mars 2019 réalisée chez des patients suspects de tuberculose dans les deux services.
Résultats: Deux cent vingt-et-un (50.92%) patients ont été retenus pour l’étude du test GeneXpert MTB/RIF pour la tuberculose toute forme confondue. Les prélèvements pulmonaires représentaient 81% des prélèvements totaux et le reste sont d’origine extra-pulmonaire. La bacilloscopie était positive dans 60.13% (N=153) des cas aux Centre de Diagnostic et de Traitement (CDT), et dans 72% (N=136) des cas dans les laboratoires de référence. Le test GeneXpert MTB/RIF a trouvé 57.72% (N=221) de résultats positifs. Une résistance à la rifampicine a été retrouvée chez 5 patients. Trente-quatre (75.5%) des 45 résultats de culture colligés étaient positifs. Pour tous les prélèvements, le test GeneXpert MTB/RIF a trouvé plus de résultats positifs que la bacilloscopie, et ses résultats ont été tous confirmés par la culture. La valeur de p est significative (<0.05) pour la comparaison des tests des crachats. Cinquante (11.52%) patients ont été inclus dans l’étude du test GeneXpert MTB/RIF pour la TPB-. Les résultats positifs trouvés par une deuxième bacilloscopie dans les laboratoires de référence et le test GeneXpert MTB/RIF sont respectivement de 12.5% et de 58% chez des patients ayant eu au préalable une bacilloscopie négative aux CDT. Pour l’étude de l’apport du test GeneXpert MTB/RIF dans le diagnostic de la pleurésie tuberculeuse, nous avons trouvé les valeurs de la sensibilité, la spécificité, la valeur prédictive positive (VPP) et la valeur prédictive négative (VPN) pour le liquide pleural respectivement de: 20%, 100%, 100% et 62.5%, et pour la pièce biopsique pleurale respectivement de : 15%, 100%, 100% et 58.82% en considérant l’examen anatomo-pathologique comme examen de référence.
Conclusion: Le test GeneXpert MTB/RIF est très performant pour le diagnostic de la tuberculose pulmonaire mais l’est moins pour le diagnostic de la tuberculose extra-pulmonaire.
Mots-clés: GeneXpert MTB/RIF, diagnostic, tuberculose, TPB-, pleurésie tuberculeuse
Abstract: Introduction: We have realied this study to evaluate GeneXpert MTB/RIF’s part in the diagnosis of all areas combined tuberculosis, pulmonary tuberculosis with negative microscopy and pleural tuberculosis in two Pneumology departments of two university hospital centers in Antananarivo.
Methods: It is a descriptive and analytic retrospective cross-sectionnal study from January 2016 to March 2019 done in patients where tuberculosis was suspected in the two departments.
Results: Two hundred and twenty-two (50.92%) patients were selected for GeneXpert MTB/RIF study for all areas combined tuberculosis. The pulmonary samples represented 81% of all samples and the restis from extra-pulmonary origins. The microscopy was positive in 60.13% (N=153) of the cases in the Diagnosis and Treatment Centers, and in 72% (N=136) of the cases in the reference laboratories. The GeneXpert MTB/RIF test has found 57.72% (N=221) positive results. A resistance to rifampicine has been found in 5 patients. Thirty-four (75.5%) of the 45 gathered culture results were positive. For all samples, the GeneXpert MTB/RIF has found more positive results than the microscopy, and its results were all confirmed by the culture. P-value was significant (<0.05) for sputum tests. Fifty (11.52%) patients were included in the GeneXpert MTB/RIF study of negative microscopy pulmonary tuberculosis. The positive results found by a second microscopy in the reference laboratories and the GeneXpert MTB/RIF test were respectively 12.5% and 58% in patients having previously had a negative microscopy in the Diagnostic and Treatment Center. For the GeneXpert MTB/RIF’s contribution in pleural tuberculosis’diagnosis, we have found respectively a sensitivity, a specificity, a positive predictive value, a negative predictive value for pleural fluid of : 20%, 100%, 100% and 62.5% and for pleural biopsy of : 15%, 100%, 100% and 58.82% by considering histology as gold standard.
Conclusion: The GeneXpert MTB/RIF test is a very effective tool for pulmonary tuberculosis diagnosis but less effective for extra-pulmonary tuberculosis diagnosis
