Introducción
La diversidad microbiana es una fuente importante de productos de interés biotecnológico, tales como
antibióticos, enzimas o Polímeros11,12. Actualmente la biodiversidad está viéndose seriamente afectada
por la contaminación y por la intervención del hombre en la naturaleza. La pérdida de
microorganismos no solo alterará los ecosistemas sino que supondrá la desaparición de productos de
interés biotecnológico. La biodiversidad microbiana permanece aún inexplorada porque con los
métodos clásicos de cultivo microbiano sólo aislamos en el laboratorio entre el 0,1 y el 10% de los
microorganismos presentes en determinado ecosistema. En cambio la aplicación de herramientas
moleculares permite estudiar la diversidad, estructura y la dinámica de comunidades microbianas de
diferentes y complejos ambientes, así como detectar la presencia de microorganismos con interés
para la industria farmacéutica y la agricultura, entre otras áreas.
Objetivo
Analizar y estudiar la diversidad microbiana mediante técnicas moleculares, tanto en ambientes libres
de contaminación como es el Parque natural Rambla Salada (Murcia), como en otros hábitats
contaminados por las actividades humanas (suelos agrícolas de Motril, Granada).
Metodología
El estudio de la diversidad microbiana requirió la puesta a punto de una estrategia molecular basada
en la amplificación por PCR del gen ribosomal 16S rRNA, a partir del DNA total extraído
directamente de las muestras. Posteriormente, se desarrolló la electroforesis en gel con gradiente
desnaturalizante (DGGE)1 para la separación de los fragmentos del gen ribosomal 16S ya
amplificados, y finalmente se procedió a la secuenciación y comparación de las secuencias obtenidas a
partir de los patrones del DGGE con las existentes en las bases de datos.
Por otro lado se desarrolló la técnica de hibridación in situ7 empleando sondas fluorescentes; estas
últimas fueron diseñadas para detectar la presencia de microorganismos pertenecientes a los dominios
de procariotas Bacteria y Arquea.
Discusión y conclusión
Mediante las herramientas moleculares hemos detectado la presencia de arqueas y bacterias no
halófilas, halófilas y halotolerantes tanto en todas las zonas analizadas de Rambla Salada como
algunas muestras de los suelos agrícolas de Motril. La diversidad microbiana de los suelos agrícolas de
Motril es inferior a la de Rambla Salada. Se ha puesto de manifiesto la existencia de una gran
diversidad microbiana en Rambla Salada compuesta fundamentalmente por procariotas pertenecientes
a los phila Bacteroidetes, Cianobacteria, Proteobacteria, Firmicutes y Actinobacteria cuyos
miembros no se aíslan en el laboratorio mediante las técnicas de cultivo empleadas hasta el momento.
La presencia de una mayor diversidad microbiana en Rambla Salada indica que los hábitats
hipersalinos son una fuente potencial de productos de interés farmacéutico.Microbial diversity is an important source of products that have potential biotechnological
applications, such as antibiotics, enzymes or polymers [1, 2]. The biodiversity is seriously affected by
pollution and human impact on natural environments. In this sense, reduction of biodiversity not only
alters the ecosystems but also will entail the disappearance of products having biotechnological
interest. Microbial biodiversity is not enough known because we have only be able so far to culture
between 0.1 and 10% of the microorganisms that exist in nature. Nevertheless, molecular ecology
techniques represent an opportunity to study the diversity, structure and dynamics of these uncultured
microorganisms, both in diverse and complex environments. They also are useful tools to detect
Microorganisms that are of interest to pharmaceutical industry and agriculture, among to other areas.
Therefore, the main objective of this work has been to analyse the microbial diversity in different
environments using molecular methods. The habitats studied were an hypersaline soil located at
Rambla Salada (Murcia), and some agricultural soils from Motril (Granada). We used PCR/DGGE to
investigate the microbial diversity; this method is based on the amplification of partial 16S RNAr gene
using the total DNA extracted directly from the sample. Subsequently denaturant gradient gel
electrophoresis (DGGE) [3] is developed to separate the amplified fragments of the 16S RNAr gene.
Finally the sequences obtained from the DGGE patterns are compared to those available at the
database. On the other hand, we used fluorescence in situ hybridization or FISH [4] to detect and
quantify microorganisms belonging to the Domain Bacteria and Archaea. According to our results,
non halophilic, halophilic, and halotolerant Archaea and Bacteria were present in all the areas
analyzed at Rambla Salada, as well as in some samples of the agricultural soils in Motril. Microbial
diversity found in the agricultural soils in Motril was lower than in Rambla Salada. Microbial
community at Rambla Salada was composed of Prokaryotes belonging to the phyla Bacteroidetes,
Cyanobacteria, Proteobacteria, Firmicutes and Actinobacteria, which cannot not so far isolated using
methods based on traditional culture techniques