As bactérias são o principal agente etiológico das patologias pulpares e perirradiculares, exercendo importante papel tanto na indução quanto na perpetuação de processos infamatórios da polpa e do periápice. Conhecer a microbiota envolvida nas diferentes fases de evolução da infecção endodôntica é, portanto, de extrema importância para o correto tratamento de cada caso. O presente estudo teve como objetivo qualifcar e quantifcar os microrganismos envolvidos nas infecções endodônticas de dentes com e sem lesão periapical visível ao exame radiográfco de pacientes da clínica odontológica da Faculdade da Serra Gaúcha (FSG) atendidos de fevereiro à maio de 2015. Para tal se coletou material necrótico do interior dos canais radiculares destes elementos com o auxílio de limas endodônticas #15 que foram acondicionadas em tubos de ensaio contendo caldo BHI que foram incubados em aerobiose à 37º por 48h. Posteriormente se utilizou estes caldos para semeadura em placas de Petri com Ágar BHI para identifcação das espécies e contagem das UFC/ml. No grupo dos dentes sem lesão periapical foi encontrada menor variedade de espécies bacterianas cultiváveis, mas um maior número de bactérias quando comparado ao grupo de dentes com lesão periapical (p<0,01). Conclui-se, portanto, que dentes com infecções endodônticas primárias apresentam rica microbiota endodôntica que sofre alterações de quantidade e variedade conforme a doença evolui, com diminuição dos microrganismos aeróbios e anaeróbios facultativos e aumento dos anaeróbios estritos.Descritores: Endodontia. Microbiologia. Polpa dentária. Lesão Periapical.AbstractBacteria are the main agent of pulp and periradicular diseases, playing an important role in both the induction and perpetuation of infammatory processes of the pulp and periapex. Knowing the microbiota involved in diferent stages of evolution of endodontic infection is therefore extremely important for the correct treatment of each case. This study aimed to qualify and quantify the microorganisms involved in endodontic infections of teeth with and without periapical lesion visible to the radiographic examination of patients of the dental clinic of the Serra Gaucha College (FSG) met from February to May 2015. For this necrotic material from the root canal these elements was collected with the aid of endodontic fles # 15 witch were put in test tubes containing BHI broth and incubated aerobically at 37ºC for 48h. Subsequently these broths were used for seeding Petri dishes with agar BHI for species identifcation and counting of CFU / ml. In the group of teeth without periapical lesion was found smaller variety of bacterial species, but a larger number of bacteria compared to group of teeth with periapical lesions (p <0.01). It follows, therefore, that primary teeth with endodontic infections feature rich endodontic microbes sufering quantity and variety changes as the disease progresses with decrease of aerobic and facultative anaerobic microorganisms and the increase of strict anaerobes.Keywords: Endodontic. Microbiology. Tooth polp. Periapical lesion