The use of in vitro techniques for the production of secondary metabolites in the pharmaceutical industry has increased widely. The organ culture is one of the alternatives for the identification of new compounds or to increase the production of already known compound useful for the humanity. The aim of this work was to produce biomass of Psidium guajava L var ‘EEA18-40’ using shoot culture and to determine the effect of the in vitro culture in the metabolic profile of this spicies. Water content was higher in the plant material obtained in the shoots cultured in vitro compared to samples collected from plants grown in field. Yields of extracts were greater in shoots cultured in vitro. Expression profiles among leaves samples of plants grown in field were different in this species, obtaining a higher rate in the shoots culture.A number of 23 new compounds was detected . This is the first work that shows the metabolic profile of Psidium guajava in shoots cultured in vitro. It was demonstrated that the in vitro culture is a potential source for identification and production of new compounds.Key words: guava, mass spectrometry, organs culture, secondary metabolitesEl uso de las técnicas de cultivo in vitro para la producción de metabolitos secundarios de interés farmacéutico se ha incrementado ampliamente. El cultivo de órganos representa una alternativa interesante para la identificación de nuevos compuestos o para incrementar la producción de compuestos ya conocidos que sean de utilidad para la humanidad. El presente trabajo tuvo como objetivo producir in vitro biomasa de Psidium guajava mediante el cultivo de brotes y determinar el efecto del cultivo in vitro en el perfil metabólico de esta especie.Se comprobó que el contenido de agua fue mayor en el material vegetal obtenido en el cultivo de brotes in vitro con relación a las muestras obtenidas de plantas cultivadas en campo. Los rendimientos de los extractos resultaron mayores en los brotes cultivados in vitro. En esta especie los perfiles de expresión entre muestras de hojas de plantas en campo y brotes in vitro fueron distintos, siendo mayor la gama de compuestos obtenidos en el cultivo de brotes. Se detectaron 23 nuevos compuestos. Este es el primer trabajo que muestra el perfil metabólico de Psidium guajava en brotes cultivados in vitro demostrando que el cultivo in vitro es una fuente potencial para la identificación y producción de nuevos compuestos.Palabras clave: cultivo de órganos, espectrometría de masa, guayaba, metabolitos secundario