At a time when Innovation is seen as one of the main drivers of regional economic growth, this study aims to assess the efficiency of innovation of 104 regions (NUT-II) of the European Union from 2006 to 2012. In this way, the study creates a ranking of the most efficient regions based on innovation indicators and seeks to understand what factors are at the origin of these ranking results. On the other hand, the global financial crisis of 2008 has also shaken all prospects of sustained growth for Europe, so the impact of the crisis on Innovation and efficiency of the regions is taken into account. For this purpose, the DEA methodology was used in a first phase to determine the levels of efficiency found and scoring of the regions, and in a second approach the use of the PCSE and GMM methodologies to analyse the factors that influence the efficiency of the innovation measured by the proposed indicator. The results show large disparities between regions, namely due to the crisis, with the most efficient regions being Romania, Belgium and Bulgaria. The results also point to human resources as being the most significant factor for the positive evolution of Innovation Efficiency.Numa altura em que a Inovação é vista como um dos motores principais para o crescimento económico regional, este trabalho visa avaliar a eficiência da inovação de 104 regiões (NUT-II) da União Europeia de 2006 a 2012. Desta forma, o estudo cria um ranking das regiões mais eficientes baseado em indicadores de inovação e procura perceber quais os fatores que estão na origem desses resultados do ranking. Por outro lado, também a crise financeira global de 2008 veio abalar todas as perspetivas de crescimento sustentado para a Europa pelo que o impacto da mesma na Inovação e eficiência das regiões é tido em conta. Para isso foi utilizada a metodologia DEA, numa primeira fase para determinar os níveis de eficiência encontrados e scoring das regiões, e numa segunda abordagem a utilização das metodologias PCSE e GMM, para analisar os fatores que influenciam a eficiência da inovação medida pelo indicador proposto. Os resultados obtidos revelam grandes disparidades entre regiões, nomeadamente devido à crise, sendo que as regiões mais eficientes pertencem à Roménia, Bélgica e Bulgária. Os resultados apontam ainda para os recursos humanos como sendo o fator mais significativo para a evolução positiva da eficiência de Inovação.Mestrado em Economi