Vesistösäännöstelyjen haittojen vähentämiseen ja hyötyjen lisäämiseen tähtäävä kehitystyö on viime vuosina ollut intensiivistä. Suomen ympäristökeskus (SYKE) on kartoittanut säännöstelyjen kehittämistoiminnan laajuutta ja siitä saatuja kokemuksia kyselyllä alueellisille ympäristökeskuksille ja toiminnanharjoittajille. Säännöstelyn kehittämishankkeita on Suomessa viimeisen kymmenen vuoden aikana toteutettu tai käynnissä noin 80. Suurin osa säännöstelyn kehittämishankkeista on tapahtunut yhteistyössä alueellisten ympäristökeskusten, eri viranomaistahojen, paikallisten toimijoiden ja vesistön käyttäjien sekä voimayhtiöiden edustajien kanssa. Kehittämishankkeiden perusteella on esitetty suosituksia säännöstelyn haittojen vähentämiseksi ja hyötyjen lisäämiseksi. Eniten suosituksia on esitetty säännöstelykäytäntöön ja vesistön kunnostustoimenpiteisiin. Kunnostustoimenpiteet ovat liittyneet vesikasvillisuuden vähentämiseen, rantojen eroosiosuojauksiin ja veden alle jääneiden kantojen poistoon. Säännöstelylupaa on tarkistettu 30 tapauksessa ja kokonaan uusi lupa on haettu yhdeksässä tapauksessa. Hankkeilla on parannettu olosuhteita virkistyskäytölle ja vähennetty säännöstelyn kielteisiä vaikutuksia vesiluontoon. Ongelmia on kuitenkin esiintynyt mm. suositusten täytäntöönpanossa. Vedenpinnan nostohankkeita on toteutettu vain vähän mm. tilakohtaisten vaikutusten arvioinnin korkeiden kustannusten vuoksi. Ongelmalliseksi on joissakin tapauksissa koettu vesilain tulkinnanvaraisuus vanhojen säännöstelylupien tarkistamista koskevien pykälien osalta
