Pohjaveden laatua seurattiin noin kahden vuoden ajan kymmenellä pohjavedenottamolla, kolmella tekopohjavesilaitoksella ja yhdellä rantaimetyslaitoksella. Virtauskuvaltaan erilaisilta pohjavesialueilta kerättiin veden laatutietoja. Yhteensä tietoja kerättiin 151 alueelta. Lisäksi kerättiin veden laatutietoja kolmelta rantaimeytyslaitokselta.
Pohjaveden laatu vaihtelee seurannan kohteina olleilla kymmenellä vedenottamolla huomattavasti. Veden laatuun vaikuttavia tekijöitä ovat hydrogeologiset olosuhteet, pohjaveden virtauskuva, vuoden ajat ja vedenottamolta otettavan veden määrä.
Virtauskuvaltaan erilaisilla pohjavesialueilla veden laatu vaihteli huomattavasti. Pohjavesi on laadultaan parasta pohjavettä ympäristöönsä purkavilla antikliinisillä pohjavesialueilla. Pohjavettä ympäristöstään keräävillä synkliinisillä ja peitteisillä pohjavesialueilla pohjaveden laatu on huonompaa. Niissä esiintyy rautaa ja mangaania ja veteen liuenneiden suolojen määrä kasvaa. Pohjanmaalla orgaanisen aineksen määrä on korkea.
Hyvää raakavettä käyttävillä tekopohjavesilaitoksilla pintavesi puhdistuu orgaanisesta aineksesta hyvin ja TOC-pitoisuus laskee tasolle 2 mg/l. Huonoa raakavettä käyttävällä tekopohjavesilaitoksella ei päästä orgaanisen aineksen suhteen yhtä hyvään tulokseen. Orgaanisen aineksen hajotessa kuluu happea ja syntyy hiilidioksidia. Hiilidioksidipitoisuudet ovat kuitenkin selvästi alempia kuin TOC:n aleneman perusteella voidaan laskea. Tutkimusten perusteella vain noin 23-30 % poistuvasta orgaanisesta aineksesta hajoaa biologisesti. Humuksen määrän aleneminen näyttäisikin olevan pääasiassa humusaineiden pidättymistä maaperään.
Laadultaan hyvän raakaveden rantaimeytyessä pintavesi puhdistuu orgaanisesta aineksesta maaperässä hyvin ja TOC-pitoisuus laskee tasolle 2 mg/l. Vedenottamolta otettava vesi on raudatonta ja mangaanitonta. Laadultaan huonolla pintavedellä ei päästä orgaanisen aineksen suhteen yhtä hyvään tulokseen. Vedenottamolta otettavassa vedessä on rautaa ja mangaania. Orgaanisen aineksen hajotessa kuluu happea ja syntyy hiilidioksidia. Veteen liuenneen hapen pitoisuus laskee nollaan sekä hyvän että huonon pintaveden rantaimeytyessä. Hiilidioksidia muodostuminen puhdistumisprosessissa on voimakkaampaa kuin varsinaisen tekopohjaveden muodostamisessa. Laskennallisesti voidaan arvioida, että laadultaan hyvän pintaveden rantaimeytyessä orgaanisesta aineksesta 100% hajoaa biologisesti. Laadultaan huonon pintaveden rantaimeytyessä hiilidioksidia syntyy enemmän kuin biologinen hajoaminen tuottaa. Tämä johtunee rantavyöhykkeen liejukerroksen orgaanisen aineksen hajoamisesta
