Desde 2006 o monitoramento de despesas e custos no Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas da Fundação Oswaldo Cruz (IPEC/FIOCRUZ) recorre às estimativas geradas pelo Projeto de Avaliação e Acompanhamento – Indicadores Gerenciais (PAA-IGs). O objetivo do artigo é evidenciar a contribuição do modelo PAA-IGs para aperfeiçoar a gestão orientada para resultados adotada na FIOCRUZ e no IPEC a partir dos anos 90. O método de pesquisa é um estudo de caso comparativo que trata da tomada de decisão a respeito da atividade de assistência tal como é obtida com apoio na sinalização resultante de três classes de evidência, quais sejam, os valores: do orçamento executado do IPEC; a previsão orçamentária do Plano Anual do IPEC e as estimativas de despesas e custos geradas pelo Projeto PAA-IGs. O resultado é que a despesa apurada pelo modelo PAA-IGs contribui para a aferição do resultado do cálculo dos direcionadores dos custos do IPEC. A conclusão do artigo é que, como contribuição ao conhecimento, o artigo aponta exigências para a gestão orientada para resultados em termos da apuração das despesas em uma organização pública multipropósito de saúde e, como contribuição gerencial, confirma a utilidade do modelo PAA-IGs para aperfeiçoar a estimativa da despesa de assistência do IPEC