Hutan mangrove telah menyesuaikan diri dari terpaan ombak yang kuat dengan salinitas yang tinggi. Tumbuhan mangrove tumbuh diatas dataran lumpur digenangi air laut atau air payau sewaktu air pasang atau digenangi air sepanjang hari, Desa Kukupang memiliki ekosistem mangrove yang tumbuh di sepanjang pesisr pantai, namun kelestariannya terancam akibat oleh warga desa tersebut. Desa Kukupang merupakan salah satu ibu kota Kecamatan Kepulauan Jouronga yang berada pada Kabupaten Halmahera Selatan Provinsi Maluku Utara. Ekosistem mangrove Desa Kukupang memiliki tumbuh hidup disepanjang pesisir pantai dengan kondisi pertumbuhan masih sangat alami. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Oktober-November 2014 Lokasi penelitian bertempat di kawasan ekosistem mangrove Desa Kukupang Kecamatan Kepulauan Joronga, Kabupaten Halmahera Selatan Maluku Utara. Tujuan penelitian untuk mengetahui struktur komunitas ekosistem mangrove dan menganalisis tingkat kerapatan ekosistem mangrove Metode transek kuadrat dan penentuan stasiun dilakukan dengan metode acak terstratifikasi. Pengambilan data terbagi dalam 3 stasiun yang berukuran 10 x 10 m untuk pohon, 5 m x 5 m untuk pancang, 1 x 1 m untuk semai, , dimana penetuan stasiun untuk sampling dibagi menjadi 3 stasiun. Berdasarkan hasil penelitian terdapat 6 jenis mangrove ditemukan yaitu: Rhizopora apiculata, Avicennia marina, Rhizopora mucronata, Sonneratia alba, Brugueraea gymnorrhiza, Ceriops tagal. Pola sebaran ekosistem mangrove berasosiasi, tingkat kerapatan tertinggi diperoleh jenis mangrove Rhizopora apiculata sebesar 0,23 (ind/m2) kondisi substrat pada loksi penelitian yang dominan pasir.Mangroves forests have adapted themselves from exposure to strong waves with high salinity. Mangroves grow on mud flats flooded with sea water or brackish water during high tide or flooded throughout the day. Kukupang village is one of the capital of the District of Jouronga Islands are located in the South Halmahera in North Maluku province. Mangrove ecosystem has grown Kukupang village life along the coast with an area of approximately 65 hectares with the condition is still very natural growth. The research was conducted in October-November 2014 Location of the study took place in mangrove ecosystem Kukupang Village District of Joronga Islands, South Halmahera in North Maluku. Transect method of determining the station square and performed by stratified random method. Data retrieval is divided into three stations measuring 10 x 10 m for trees, 5 mx 5 m for the stake, 1 x 1 m for the nursery, where elucidation of the sampling stations are divided into three stations. Based on the results of the study are six mangrove species found are: Rhizopora apiculata, Avicennia marina, Rhizophora mucronata, Sonneratia alba, Brugueraea gymnorrhiza, Ceriops tagal. Distribution pattern associated mangrove ecosystem, and the highest level of density is the type of mangrove species Rhizophora apiculata, the condition of the substrate at the location of the dominant research dust