En un mundo donde la marea de información amenaza cada día con inundarnos, cada vez es más importante disponer de formas de acceso rápido y de identificación inequívoca. En este contexto, abordamos en esta ocasión diversos elementos, todos relacionados con los identificadores digitales aplicables a publicaciones, personas o moléculas

Herráez Sánchez, Ángel

Spanish

e_Buah - Biblioteca Digital de la Universidad de Alcalá

SEBBM 186 | Diciembre 201529EDUCACIÓN UNIVERSITARIA¡Identifíquese!Ángel Herráez	DOIEl uso del Digital Object Identifi er (doi) ha aumenta­do rápidamente en los últi­mos años. Curioseando su origen, encuentro que su página en la Wikipedia en español apa­rece en marzo de 2007, mientras que en inglés se remonta a enero de 2004. La primera referencia de normalización de su sintaxis data de 2000. Tiene, pues, el doi una larga historia, aunque tengo la impresión de que solo recientemente se ha convertido en vocablo habitual, se ha empezado a comprender el concepto y a ganar difusión en la comunidad de bio­químicos españoles. Quizá me engañe, pero preventivamente me propongo ex­plicarlo en este artículo.La razón de ser del doi es disponer de un puntero, una referencia permanente a una pieza de información en internet –tal como un artículo de revista científi ca– emplean­do un formato corto y, sobre todo, que siga funcionando a pesar de los sucesivos redi­seños de las sedes web de las revistas. Se podría pensar que la dirección url de un artículo ya sirve a este propósito, pero a menudo esa ubicación sufre cambios, cada vez que la editorial reorganiza la estructura de su sitio web. A modo de metáfora, po­dríamos decir que el doi siempre rastreará esos cambios y nos llevará a la dirección url vigente actualmente.¿Cómo es posible esto? Por la existencia de un servicio centralizado de doi (doi resol-ver) y el compromiso de las editoriales en comunicarle la dirección original y cual­quier modifi cación que esta sufra ulterior­mente. Cuando nosotros buscamos un cierto doi, la petición pasa por el servidor http://dx.doi.org, que lo interpreta y redi­rige a la url actual de la revista.Si bien el auge del doi se alcanzó con los artículos de revistas periódicas, se ha ido extendiendo su asignación a todo tipo de materiales: libros, datos, publicaciones ofi ciales (Unión Europea, OCDE), vídeo comercial, e incluso registros en bases de datos (caso de las estructuras de macro­moléculas en PDB, como veremos más adelante). En un mundo donde la marea de información amenaza cada día con inundarnos, cada vez es más importante disponer de formas de acceso rápido y de identifi cación inequívoca. En este contexto, abordamos en esta ocasión diversos elementos, todos relacionados con los identifi cadores digitales aplicables a publicaciones, personas o moléculas.Como utilidad práctica, se puede instalar un complemento en el navegador de in­ternet (Firefox o Chrome, pero también los hay para MacOS y Adobe Reader),1 que permiten escribir o pegar directamente el texto con formato doi:etc en la barra de direcciones, o bien lo reconocen en el texto de un documento y lo convierten en un enlace, con lo que se llega de un golpe al artículo sin pasar por el servidor o escribir la dirección http.Cabe comentar que la primera parte del código (hasta la barra) identifi ca la edi­torial responsable del indexado, pero el formato del resto es una combinación de letras, dígitos y signos que varía amplia­mente entre editoriales. Como en algunos casos la longitud del doi termina siendo considerable, ya existe un servidor que proporciona un equivalente acortado (shortDOI®).DOIEl formato recomendado es doi: seguido del identifi cador, por ejemplo doi:10.1002/bmb.2006.494034042644 pero es también común verlo en su forma de hiperenlace o dirección a través del servidor, http://dx.doi.org/10.1002/bmb.2006.494034042644SEBBM 186 | Diciembre 201530EDUCACIÓN UNIVERSITARIATú también puedes tener tu Doi Pero no solo las editoriales e instituciones pueden conseguir identifi cadores doi. Han aparecido servicios que ofrecen la posibilidad de publicar en su servidor cualquier tipo de documento, gráfi ca, paquete de datos, etc. y conseguir un doi para ello. permisos relativos a derechos de autor4 para saber si podemos hacerlo. En el caso de material de nuestra autoría, necesita­mos además considerar en qué términos lo vamos a ofrecer; Zenodo permite la publicación bajo diversas licencias y ni­veles de acceso, incluyendo tanto Creati­ve Commons como otros. Asimismo, al DOI propioPor ejemplo: doi:10.5281/zenodo.12620 corresponde a un programa de software publicado por su autor.HANDLEEjemplos:http://hdl.handle.net/10017/19767 guarda una comunicación en un congreso http://hdl.handle.net/10017/203 guarda una tesisEn ambos casos, se redirige a sendas páginas de la Biblioteca de la UAH7 con toda la información sobre los respectivos materiales, incluidos los documentos en sí.Como ejemplo, el servicio gratuito ofre­cido por Zenodo2 asigna un doi a todos los materiales enviados a su servidor y disponibles de forma pública. También ofrece la posibilidad de agruparlos en colecciones personales. Se aloja en el centro de datos del CERN3 en Suiza y se fi nancia con el proyecto europeo Open-AIREplus (EU FP7). Por ello, está enfo­cado preferentemente a la compartición en abierto de resultados de investigación, tanto positivos como negativos, en cual­quier tipo de formato. Entre sus sugeren­cias se encuentran libros, capítulos, co­municaciones en congresos, artículos en revistas, patentes, versiones previas a la impresión, informes, tesis, notas técnicas, datos, fi guras, dibujos, diagramas, fotos, software, grabaciones sonoras o en vídeo, materiales interactivos y lecciones. Dada su inspiración, Zenodo está además inte­grado de forma automática en sistemas de auditoría para la investigación fi nanciada por la Comisión Europea (OpenAIRE) y, en un futuro, por otras agencias. Obviamente, a la hora de publicar mate­rial debemos ser consecuentes con los cobertura algo más amplia en cuanto a información. Defi ne un «objeto digital» que incluye tanto el documento como alguna información sobre él, su identi­fi cador digital y otros metadatos. Para no entrar en tecnicismos, bastará decir que un documento puede quedar regis­trado en el servidor de Handle con un identifi cador del tipo hdl:etc, que redi­rigirá a la url donde esté ubicada su in­formación. Cabe mencionar que al menos uno de los complementos para el navegador de in­ternet ya mencionados para doi interpre­ta también textos con formato hdl:etc en la barra de direcciones (CNRI Extension for Firefox).1	ISBN e ISSNEstos son identificadores mucho más conocidos, aunque en ocasiones mal in­terpretados. En ambos casos, se trata de códigos internacionales de identifi cación; el primero, para libros (publicaciones únicas); el segundo, para revistas (publi­caciones periódicas). Y entraré al toro directamente: el isBn no es un indicador de calidad, aunque nos hayan querido hacer creer eso.El origen del isBn (International Standard Book Number) –y su propósito– es comer­cial: permitir a un proveedor (librero) ubicar de forma unívoca un libro en el mercado internacional. No supone un registro del contenido del libro (por ejemplo, de cara a defender derechos de autor) ni una garantía de su calidad o reputación.¿Qué aportas? El título, la fecha, los au­tores, el formato y poco más. Distintos formatos (tapa dura, blanda, CD­ROM, libro electrónico) o distintas ediciones requieren distintos isBn. ¿Qué recibes? Un número y un código de barras equi­valente.publicar documentos el sistema detectará de forma automatizada algunos elemen­tos de información y los incorporará como metadatos.5Finalmente, para usar Zenodo debemos registrarnos, lo que puede hacerse usando nuestra identidad de diversos servicios en línea, entre ellos orcid.	HandleEl sistema Handle6 supone un concepto y método análogos al de doi, con una doi:10.1021/jp510062bhttp://dx.doi.org/:10.1021/jp510062bhttp://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/j p510062bSEBBM 186 | Diciembre 201531EDUCACIÓN UNIVERSITARIA¿Por qué digo que no indica calidad? Porque cualquiera puede conseguir un isBn y aplicarlo a su libro, sin que este haya pasado por revisión ni por editores o editorial algunos. Al menos esto era así hasta hace unos años, cuando en España la solicitud podía hacerla un particular y era gratuita; posteriormente la ley ha cambiado y se cobra por la compra de lotes de números isBn, lo que restringe el alta de los isBn casi exclusivamente a la industria editorial. También hace años (en los tiempos del BioROM) me infor­maron en la ofi cina nacional responsable que solo podía solicitarse para un libro impreso, mientras que ahora hay discos y otros formatos que tienen isBn. Pero estos cambios no alteran la fi losofía, el concepto.En cuanto al issn (International Standard Serial Number), se podría aplicar una in­terpretación similar. Bastará decir que es una forma útil para identifi car sin ambi­güedad una revista, en este mundo donde proliferan como roedores y es difícil que un nombre nuevo no se parezca a otros. Tened en cuenta que las publicaciones en formato electrónico llevan asociado un número (a menudo indicado como e­issn) diferente al de la revista impresa. Ha surgido también el issn-l que engloba en un solo identifi cador todas las versiones de formato de una misma publicación.8	ORCIDPasamos a otro ámbito: la identifi cación de personas. Concretamente, de autores de las publicaciones científi cas. Como sabéis y posiblemente hayáis experimen­tado, la búsqueda de publicaciones de un cierto autor (o las tuyas propias) en las bases de datos puede sufrir tanto de falsos positivos como de falsos negativos. Las causas son diversas: mismos inicial y apellido para dos personas; uso del nom­bre completo o solo la inicial; en los au­tores hispanos y portugueses, uso incon­sistente de uno o dos apellidos, o dos apellidos unidos por un guión; etc.Se hace, por ello, conveniente disponer asimismo de identifi cadores únicos para los autores. Esto también lleva algún tiempo inventado y ahora su uso ya se está extendiendo y normalizando. Os hablaré del identifi cador orcid (Open Researcher and Contributor ID); de nuevo, se trata de un sistema normalizado, centralizado, de uso libre y abierto, y apoyado por diversas instituciones y editoriales.El sistema orcid9 permite evitar ambigüe­dades, en un uso podríamos decir personal. Pero al mismo tiempo permite la gestión automatizada, proporcionando vías de enlace entre la identidad de una persona y su actividad científi ca. Finalmente, se integra en los sistemas de publicación (desde el envío del manuscrito hasta su aceptación y publicación), así como en procesos de petición de fi nanciación. ¿Cómo funciona? Primero, eliges darte de alta en el sistema; se requiere tu nom­bre, dirección electrónica de contacto y una clave de acceso. A continuación, completas la información que juzgues conveniente para conformar tu «perfi l»: nombres alternativos, país, ciudad, direc­ciones de correo, sedes web, formación académica, empleos o puestos de traba­jo... Puedes elegir el nivel de privacidad de la información proporcionada. Inme­diatamente el sistema te asigna un código identifi cador orcid personal; la informa­ción que vayas añadiendo estará siempre recopilada en la página web asociada a ese identifi cador.Por supuesto, puedes completar la colec­ción añadiendo de forma manual los que no se hayan localizado, pero no serán muchos. Además de esto, ya es frecuente que cuando envías un manuscrito a pu­blicar, la editorial de la revista te solicite tu código orcid para que cuando el artí­culo llegue a aceptarse quede ya registrado con tu identidad digital; así, en tus publi­caciones futuras ni siquiera tendrás que pasar por el proceso de búsqueda y con­fi rmación descrito antes.	PDB idTerminamos con algunos toques molecu­lares; ya sabéis que me encanta este mun­dillo. Como es sin duda conocido, las estructuras moleculares (coordenadas de cada átomo en el espacio) que se generan en experimentos de resonancia magnética nuclear, cristalografía y difracción de rayos X, de electrones o de neutrones, criomi­croscopía electrónica de alta resolución... están, para el caso de macromoléculas, almacenadas en Protein Data Bank.10 Esta base de datos tiene un elaborado proceso de recepción y validación de los datos, y asigna a cada entrada un código identifi cador que es permanente y permi­te identificar esos datos (y su estructura 3D asociada) de forma unívoca. Un identifi cador PDB está formado por 4 caracteres alfanuméricos. ORCIDPor ejemplo, un identifi cador ORCID 0000-0002-9900-6845 está asociado a la página http://orcid.org/0000-0002-9900-6845Finalmente, llegamos al meollo de la cuestión: construir un listado de tus pu­blicaciones, proyectos, etc. La buena no­ticia es que no es ne­cesario escribir toda la información: las pu­blicaciones se pueden obtener de forma se­miautomática y sus referencias quedarán guardadas en tu regis­tro orcid personal. El servidor puede conec­tar (si concedes el per­miso) con diversos servicios externos, como Europe PubMed Central, ScholarOne, Scopus, CrossRef, Else-vier... y hará en cada uno una búsqueda con tu nombre; basta con que, en la lista de artículos que aparece, marques aquellos que confi rmas son tuyos. PDBEjemplo de identifi cador PDB: 3rif que habitualmente se presenta escrito como 3rif.pdb o quizás pdbID:3rif o bien doi:10.2210/pdb3rif/pdb (así es, las estructuras de la base de datos también tienen un doi propio)TrucosSi trabajas alguna vez con nuestro amigo Jmol, prueba a abrir la consola de guiones y escribir esto: load =3rif (carga desde PDB en Norteamérica) o load *3rif (carga desde PDB en Europa) Voilá! Una pirueta efectista para ejecutarla en clase de forma casi improvisada mientras hablas del enzima o el receptor de turnoSEBBM 186 | Diciembre 201532EDUCACIÓN UNIVERSITARIA	Bibliografía y notas1  International DOI Foundation (s.f.): DOI® System Tools. https://www.doi.org/tools.html.2  Zenodo (s/f ): Zenodo–Research–Shared. https://zenodo.org/about (consultado 6 nov. 2015).3  Tus datos se guardarán en el mismo sitio que los petabytes que genera el Gran Colisionador de Hadrones (LHC). http://home.cern/about/computing (consultado 6 nov. 2015).4  Herráez A.: Mío, suyo... ¿nuestro? Revista SEBBM 2015; 183: 34­38.5  Herráez A.: Información entre bambalinas. Revista SEBBM 2015; 184: 30­34.6  Corporation for National Research Initiatives (s/f ): The Handle System. https://www.handle.net/ (consultado 6 nov. 2015).7  La Biblioteca Digital de la Universidad de Alcalá administra un prefi jo hdl propio, pues utiliza para el almacenamiento y gestión de documentos el software DSpace, que incorpora el CNRI Handle System.8  The National Library of Finland (s.f.): Linking ISSN (ISSN-L). http://www.nationallibrary.fi /en/publishers/issn/issnl.html (consultado 6 nov. 2015).9  ORCID, Inc. (s.f.): ORCID: connecting research and researchers. http://orcid.org (consultado 6 nov. 2015).10  a) Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (s/f ): RCSB Protein Data Bank: an information portal to 113494 biological macromolecular structures. http://pdb.org/ (consultado 10 nov. 2015).b) European Bioinformatics Institute, European Molecular Biology Laboratory (s/f ): Protein Data Bank in Europe: Bringing Structure to Biology. http://pdbe.org/ (consultado 10 nov. 2015).11  IUPAC (s.f.): The IUPAC International Chemical Identifi er (InChITM). http://www.iupac.org/home/publications/e­resources/inchi.html (consultado 6 nov. 2015).12  The InChI Trust (s.f.): Find out about InChI. http://www.inchi­trust.org/ (consultado 6 nov. 2015). Incluye las presentaciones en vídeo «What on Earth is InChI?», «The Birth of the InChI», «The Googlable InChIKey».13  NCI/CADD Group (s.f.): Chemical Identifi er Resolver. Computer­Aided Drug Design Group, Chemical Biology Laboratory, National Cancer Institute, National Institutes of Health. http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure Documentación en http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure_documentation (consultados  6 nov. 2015).	InChI e InChIKeyY ahora abordamos lo que me gusta llamar las «micromoléculas», es decir, todas aque­llas que, por complejas que sean, no son «macro», no son poliméricas. Disponemos de otro identifi cador para su estructura química, sus datos y mucha más informa­ción. Podréis decir, claro, que ya tenemos el nombre normalizado de IUPAC, pero sabéis que no es sencillo de manejar, puede ser abstruso e incluso no ser único; además es casi imposible domar a los sistemas in­formáticos para que trabajen con él de forma efi caz en búsquedas, rutinas, etc. Por eso se creó el IUPAC International Chemical Identifier (InChITM)11,12 que permite el tratamiento automatizado y será un identifi cador unívoco para cada compuesto químico, fármaco, metaboli­to, mensajero...Como, para variar, muchos inchi no son nada breves, se ha inventado el InChIKey, formado por una serie corta de caracteres alfanuméricos que resulta equivalente al (quizá) más descriptivo inchi original.Una estupenda solución para intercon­vertir nombre común, nombre IUPAC, inchi, inchikey, nº de registro CAS y otras muchas designaciones es el servidor CACTUS del NCI.13 Puedes incluso di­bujar una fórmula y obtener en unos se­gundos su nombre o sus identifi cadores.Terminamos aquí este recorrido por un muestrario de identifi cadores. Quizás este mes me haya desviado de los planteamien­tos docentes que inspiran esta sección pero, por otra parte, «educación universi­taria» no dice a quién hay que educar, pues todos estamos aprendiendo continuamen­te. Además, nuestros alumnos también deben aprender este tipo de herramientas, y no es preciso ni quizá conveniente espe­rar a que estén graduados y las descubran por su cuenta. Ojalá os aproveche, pues, a vosotros y a vuestros alumnos.  #.........................Ángel HerráezBioQuíMica y Biología Molecular,departaMento de Biología de sisteMas,universidad de alcalÁInChIEjemplos:InChI=1S/C2H6O/c1-2-3/h3H,2H2,1H3 es el etanolInChI=1S/C47H51NO14/c1-25-31(60-43(56)36(52)35(28-16-10-7-11-17-28)48-41(54)29-18-12-8-13-19-29)23-47(57)40(61-42(55)30-20 es el taxolY sus equivalentes INCHIKEY:InChIKey=LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N InChIKey=RCINICONZNJXQF-MZXODVADSA-N TrucosSi trabajas alguna vez con nuestro amigo Jmol, prueba a abrir la consola de guiones y escribir esto: load «$InChI=1S/C3H4O3/c1-2(4)3(5)6/h1H3,(H,5,6)/p-1» load $BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N Por cierto, también sirven estos:load $thalidomide load :tamoxifen load :50-78-2 Que, respectivamente, se obtienen desde el NCI Resolver usando un código INCHI, un INCHIKEY o el nombre, y desde PubChem por nombre común y número CAS del Chemical Abstracts Service

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