With use universal microsporidian SSU rDNA primers were carry out PCR based screening of nine species endemic amphipods of lake Baikal. Six differ species microsporidian parasites were find out at two species of amphipods (P. cancellus and E. verrrucosus). Three parasites of uncovered microsporidian are endemick.Работа выполнена при частичной финансовой поддержке грантов ГЗ № 6.382.2014/К, РНФ 14-14-00400, Программы стратегического развития ФГБОУ ВПО «ИГУ» и совместной программы академических обменов DAAD – Минобрнауки РФ «М. Ломоносов» 2014–2015 гг