La Comisión Europea ha relacionado las divergencias en el crecimiento económico con las diferencias de innovación entre las regiones europeas. La investigación empírica ha dejado patente el valor de la innovación como fuente de ventaja competitiva y su importancia para reducir las divergencias económicas entre regiones. La ineficiencia demostrada por los modelos generales de innovación hace necesario un estudio riguroso del proceso y sus consecuencias económicas en contextos homogéneos. Así, el gap de conocimiento en torno al proceso innovadoren regiones económica y tecnológicamente menos desarrolladas (periféricas) ha restado eficacia a la política de innovación de manera sistemática, demandando un mejor conocimiento del fenómeno y nuevos instrumentos para la política de innovación en estos territorios. En esta línea, el presente trabajo pretende un avance en el conocimiento del proceso de innovación y sus resultados económicos en Andalucía, una importante región periférica europea. Para ello, se ha realizado un análisis a nivel empresa de másde 400empresasde los principales sectores de la región mediante el contraste empírico de un modelo explicativo bietápico. La primera etapa logra explicar satisfactoriamente el nivel de innovación de las empresas, a partir de la capacidad innovadora, losfactores contextuales y el entorno, aportando finalmente unos índices de innovación empresarial por sectores. En la segunda etapa se analiza el impacto que ejerce el nivel de innovación sobre la rentabilidad, el crecimiento y la expansión comercial en cada sector. Los resultados obtenidos permiten extraer consideraciones relevantes para los directivos y responsables regionales de la política de innovación