The objective of this work was to characterize and cluster isolates of Pestalotiopsis species and to identify those that are pathogenic to pecan, based on morphological and molecular characters. Pestalotiopsis spp. isolates were identified by sequencing the internal transcribed spacer (ITS) and β‑tubulin regions. Identification methods were compared to indicate the key morphological characters for species characterization. Thirteen isolates were used for the pathogenicity tests. Morphological characterization was performed using the following variables: mycelial growth rate, sporulation, colony pigmentation, and conidial length and width. Ten pathogenic isolates were identified, three as Pestalotiopsis clavispora and three as P. cocculi. The other isolates remained as an undefined species. The morphological characters were efficient for an initial separation of the isolates, which were grouped according to differences at species level, mainly colony diameter, which was identified as an important morphological describer. Beta‑tubulin gene sequencing was less informative than the ITS region sequencing for species identification.O objetivo deste trabalho foi caracterizar e agrupar isolados de espécies de Pestalotiopsis e identificar aquelas patogênicas à nogueira‑pecã, com base em caracteres morfológicos e moleculares. Os isolados de Pestalotiopsis spp. foram identificados por meio do sequenciamento das regiões internal transcribed spacer (ITS) e β‑tubulina. Os métodos de identificação foram comparados, para indicar os caracteres morfológicos chave para a caracterização das espécies. Treze isolados foram utilizados para os testes de patogenicidade. A caracterização morfológica foi realizada com a utilização das seguintes variáveis: taxa de crescimento micelial, esporulação, pigmentação das colônias, comprimento e largura de conídios. Dez isolados patogênicos foram identificados, três como Pestalotiopsis clavispora e três como P. cocculi. Os outros isolados permaneceram como espécie não definida. Os caracteres morfológicos foram eficientes na separação inicial dos isolados, os quais foram agrupados por diferenças quanto à espécie, principalmente o diâmetro das colônias, identificado como um importante descritor morfológico. O sequenciamento do gene da β‑tubulina foi menos informativo do que o sequenciamento da região ITS para a identificação de espécies
