The objective of this work was to analyze the genetic variability of Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae) populations collected from corn and cotton crops in Brazil. The samples were analyzed by DNA markers. The dendrogram produced by the 20 RAPD primers evaluated showed a correlation between genetic profile and feeding behavior. The analysis of the mitochondrial ND1 gene allowed identifying the insect populations in both crops, and, in corn, in several geographical regions. The presented strategy allows the identification of Spodoptera frugiperda populations associated with corn and cotton crops.O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de populações de Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae) coletadas nas culturas de milho e algodão do Brasil. As amostras foram analisadas por marcadores de DNA. O dendrograma produzido pelos 20 iniciadores de RAPD avaliados revelou correlação entre o perfil genético e o comportamento de alimentação. A análise do gene ND1 mitocondrial permitiu identificar populações do inseto em ambas as culturas, e, em milho, em várias regiões geográficas. A estratégia apresentada permite a identificação de populações de Spodoptera frugiperda associadas às culturas de milho e algodão
