CARON, Juliette

de Oliveira, Fabienne

Moisan, Alice

Plantier, Jean-Christophe

French

Caron, Juliette

HAL - Normandie Université

Analyse des régions LTR du génome d'un VIH-1 recombinant inter-groupes M et O : étude de l'émergence des points de cassure et caractérisation des différentes populations

Archive Ouverte en Sciences de l'Information et de la Communication

HAL Id: hal-02268783
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Submitted on 21 Aug 2019
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Analyse des régions LTR du génome d’un VIH-1
recombinant inter-groupes M et O : étude de
l’émergence des points de cassure et caractérisation des
différentes populations
Alice Moisan, Juliette Caron, Fabienne de Oliveira, Jean-Christophe Plantier
To cite this version:
Alice Moisan, Juliette Caron, Fabienne de Oliveira, Jean-Christophe Plantier. Analyse des régions
LTR du génome d’un VIH-1 recombinant inter-groupes M et O : étude de l’émergence des points de
cassure et caractérisation des différentes populations. 3ème Journée Normande de Recherche Biomédi-
cale, Sep 2018, Rouen, France. ￿hal-02268783￿
 
Analyse des régions LTR du génome d’un VIH-1 recombinant inter-groupes M et O : étude 
de l’émergence des points de cassure et caractérisation des différentes populations 
 
Alice Moisan1,2, Juliette Caron1, Fabienne De Oliveira2, Jean-Christophe Plantier1,2 
1Groupe de Recherche sur l’Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Normandie Université, UNIROUEN, UNICAEN 
2Laboratoire de Virologie associé au CNR VIH, CHU de Rouen 
Laboratoire associé 
 au Centre National de 
Référence du VIH 
Introduction :   
Les VIH sont caractérisés par une forte diversité génétique, liée notamment à leurs origines simiennes et à leur mode de réplication, et 
accentuée par le phénomène de recombinaison. Malgré leur importante divergence génétique, le VIH-1 de groupe M (VIH-1/M), 
pandémique, et le VIH-1 de groupe O (VIH-1/O), endémique au Cameroun, peuvent générer des formes recombinantes inter-groupes M et 
O (VIH-1/MO). Depuis 1999, 23 recombinants MO ont ainsi été décrits. Aux extrémités du génome du VIH, se situent deux séquences 
répétitives identiques : le 5’LTR et le 3’LTR, tous deux composés des régions U3, R et U5. Ces LTRs constituent un point chaud de la 
recombinaison. Des travaux préliminaires ont permis la génération artificielle, par un système de génétique inverse, de virus recombinants 
VIH-1/MO. L’étude de leurs LTRs, initialement différents, a montré qu’ils avaient recombiné au cours du temps pour devenir identiques.  
Objectifs : 
1. Analyser l’émergence d’un point de cassure dans le 5’LTR d’une forme recombinante VIH-1/MO 
2. Caractériser les différentes populations présentes au cours de sa mise en culture sur lignée cellulaire 
Conclusions & Perspectives : 
La caractérisation par SGA des 3’LTRs-ARN (surnageants de culture) et des 5’ et 3’LTRs-ADN (cellules de fin de culture) doit être réalisée.  
Néanmoins, notre étude a permis de : 
• décrire l’émergence de la recombinaison dans les 5’LTRs de virus recombinants VIH-1/MO, avec un point de cassure dans la région R, 
• caractériser les populations présentes avec trois motifs distincts de recombinaison, retrouvés dès le début de la culture cellulaire, 
• valider notre protocole en comparant ces données in vitro aux données in vivo de patients infectés par des virus recombinants MO, 
• améliorer nos connaissances sur les mécanismes de recombinaison inter-groupes M et O. 
Mots clés : Recombinants VIH-1 intergroupes M et O – Emergence – LTRs – Culture virale 
Matériels & Méthodes :  
SINGLE GENOME AMPLIFICATION (SGA)  
Résultats : 
 
 
 
 
 
 
 
 
 A J6 (début de culture) : émergence du LTR recombinant avec 
persistance de LTRs non recombinants (=  plasmide de départ). 
 
 
 
 
 
 
 A J16 et J34 (milieu et fin de culture) : LTR recombinant uniquement 
 
 Trois motifs distincts de recombinaison, dès J6  
 
 
 
 Comparaison aux données in vivo disponibles : 
• les 3 motifs sont retrouvés pour 3 virus recombinants in vivo 
• 2 autres motifs présents in vivo (396-545 pb & 489-497 pb), non 
retrouvés in vitro (contraintes techniques) 
 
 
 
Caractérisation des populations présentes 
Détermination de la dilution limite  
(3 puits positifs sur 10 = un clone unique  
amplifié par puits) 
PCR réalisée 96 fois à cette dilution et 
révélation sur gel d’agarose 
Séquençage des amplicons par la 
méthode de Sanger 
Décongélation de surnageants et 
extraction de l’ARN viral 
J6 J16 J34 
Obtention de l’ADN complémentaire 
(ADNc) par transcription inverse 
R U5 U3 R 
ADN COMPLEMENTAIRE 
5’LTR 3’LTR 
U3 U5 
Dilutions en série (x10 réplicats) et 
amplification 5’LTRs par PCR nichées 
1/10 1/100 1/1000 1/… 
7+/10 5 +/10 3 +/10 1 +/10 
Matériels & Méthodes :  Résultats : 
 
Emergence d’un point de cassure dans le 5’LTR dès le début de 
la culture à J4 
 
 
 Localisation de la zone de recombinaison dans la 2ème moitié de 
la région R du 5’LTR 
 
 
 
 
Coexistence de plusieurs populations dans les différents 
surnageants de culture 
Etude de l’émergence d’un point de cassure dans le 5’LTR 
Décongélation de 16 surnageants 
issus des 4 transfections 
Extraction automatisée (EZ-1) de 
l’ARN des surnageants 
Amplification des régions 5’LTR 
recombinantes par PCR nichées 
Révélation par migration sur gel 
d’agarose 
Séquençage des régions 5’LTRs par la 
méthode de Sanger 
J4 J6 J9 J13 
R U5 U3 R 
ARN VIRAL 
5’LTR 3’LTR 
R U5 
Amorces PCR externe 
Amorces PCR interne 
R U5 
Surnageant 
Dilution 
limite 
Pourcentage  
puits positifs 
5'LTR non 
recombinants 
= VIH-1/O 
5'LTR recombinants 
= VIH-1/MO 
n LTRs recombinants Point de cassure 
D 1/300 16,70 % 11 5 
1 506-513 
2 513-522 
2 523-547 
F 1/300 16,70 % 12 2 
1 506-513 
1 513-522 
H 1/100 7 % 7 0 0 / 
J 1/100 25 % 10 10 
3 506-513 
4 513-522 
3 523-547 
J6 
J16 
J34 
Surnageant 
Dilution 
limite 
Pourcentage  
puits positifs 
5'LTR non 
recombinants 
= VIH-1/O 
5'LTR recombinants 
= VIH-1/MO 
n LTRs recombinants Point de cassure 
D 1/175000 15 % 0 11 
1 506-513 
5 513-522 
5 523-547 
D 1/190000 22% 0 20 
1 506-513 
14 513-522 
5 523-547 
5’LTR 


https://hal-normandie-univ.archives-ouvertes.fr/hal-02268783/file/poster%20LTRs%20JNRB%202018%20AM%20VF.pdf

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